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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pb1 | ||||||
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タイトル | A four location model to explain the stereospecificity of proteins. | ||||||
要素 | Isocitrate dehydrogenase [NADP] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / l-isocitrate / isocitrate dehydrogenase / enantiomer / specificity / stereospecificity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Mesecar, A.D. / Koshland Jr., D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: Structural Biology: A New Model for Protein Stereospecificity. 著者: Mesecar, A.D. / Koshland Jr., D.E. #1: ジャーナル: IUBMB Life / 年: 2000 タイトル: Sites of Binding and Orientation in a Four-Location Model for Protein Stereospecificity. 著者: Mesecar, A.D. / Koshland Jr., D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pb1.cif.gz | 101.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pb1.ent.gz | 77 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pb1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pb1_validation.pdf.gz | 408.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pb1_full_validation.pdf.gz | 411.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pb1_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pb1_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/1pb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/1pb1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45809.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: wildtype / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ICD OR ICDA OR ICDE OR B1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08200, isocitrate dehydrogenase (NADP+) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ICT / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.9 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: IDH, stored in metal-free final buffer, was diluted to 25, 30, 35 and 40 mg/ml using metal-free 2X buffer; (70mM Na2HPO4 , 18 mM citric acid, 200 mM NaCl, 0.4 mM DTT, pH 5.4). and was ...詳細: IDH, stored in metal-free final buffer, was diluted to 25, 30, 35 and 40 mg/ml using metal-free 2X buffer; (70mM Na2HPO4 , 18 mM citric acid, 200 mM NaCl, 0.4 mM DTT, pH 5.4). and was crystallized from hanging drops using 5 l each of these IDH solutions and 5 l each of 34, 36, 38, 40, 42, and 44 % (NH4)2SO4 solutions in crystallization buffer (35mM Na2HPO4 , 9 mM citric acid, 100 mM NaCl, 0.2 mM DTT at pH 5.4). , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 91206 / Num. obs: 83266 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 84.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→24.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.3181 Å2 / ksol: 0.398972 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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