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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p8f | ||||||
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タイトル | A four location model to explain the stereospecificity of proteins. | ||||||
![]() | Isocitrate dehydrogenase [NADP] | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mesecar, A.D. / Koshland Jr., D.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural biology: A new model for protein stereospecificity. 著者: Mesecar, A.D. / Koshland Jr., D.E. #1: ![]() タイトル: Sites of binding and orientation in a four location model for protein stereospecificity. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | E.coli isocitrate dehydrogenase is biologically active as a dimer. There is one monomer per assymetric unit. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 45809.562 Da / 分子数: 1 / 断片: Full Length / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P08200, ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 246分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ICT.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ICT.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ICT / ![]() | ||
#5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.83 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: IDH, stored in metal-free final buffer, was diluted to 25, 30, 35 and 40 mg/ml using metal-free 2X buffer; (70mM Na2HPO4 , 18 mM citric acid, 200 mM NaCl, 0.4 mM DTT, pH 5.4). and was ...詳細: IDH, stored in metal-free final buffer, was diluted to 25, 30, 35 and 40 mg/ml using metal-free 2X buffer; (70mM Na2HPO4 , 18 mM citric acid, 200 mM NaCl, 0.4 mM DTT, pH 5.4). and was crystallized from hanging drops using 5 l each of these IDH solutions and 5 l each of 34, 36, 38, 40, 42, and 44 % (NH4)2SO4 solutions in crystallization buffer (35mM Na2HPO4 , 9 mM citric acid, 100 mM NaCl, 0.2 mM DTT at pH 6.1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.85→25 Å / Num. all: 69674 / Num. obs: 69674 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 84.4936 Å2 / ksol: 0.414248 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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