PDB-1p61: Structure of human dCK complexed with 2'-Deoxycytidine and ADP, P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p61

タイトル

Structure of human dCK complexed with 2'-Deoxycytidine and ADP, P 43 21 2 space group

要素

Deoxycytidine kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / nucleoside kinase /

P-loop (Walkerモチーフ) /

deoxycytidine (デオキシシチジン)

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase /

deoxyguanosine kinase / dAMP salvage /

deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process /

deoxyguanosine kinase activity /

deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Sabini, E. / Ort, S. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of human dCK suggests strategies to improve anticancer and antiviral therapy
著者: Sabini, E. / Ort, S. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.

履歴

登録	2003年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p61.cif.gz	65.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p61.ent.gz	47.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/1p61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/1p61	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p5zC 1p60C 1p62C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zi5-2 2zia-d 4q1a-d 2a7q-1 3hp1-1 2zi7-d 4l5b-d 4q1e-d 1p5z-1 4q1c-d 5mqj-2 4kcg-d 2a2z-1 4q18-d 5eyx-d 3qen-d 4q19-d 2zi5-1 4q1b-d 4q1d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Deoxycytidine kinase

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Deoxycytidine kinase

ヘテロ分子

B: Deoxycytidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.001, 80.001, 93.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-424- HOH

#1: タンパク質	Deoxycytidine kinase / / dCK 分子量: 30834.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-DCZ / 2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシシチジン / デオキシシチジンタイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 227.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.52 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.95-1.0M citrate trisodium dihydrate, 100mM Hepes, 5mM deoxycytidine, 5mM ADP, 5mM MgCl2, 5mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	12 mg/ml	enzyme	1	drop
2	5 mM		1	drop	MgCl2
3	20 mM	HEPES	1	drop		pH7.5
4	5 mM	dithiothreitol	1	drop
5	100000 nM	deoxycytidine	1	drop
6	0.95-1.0 M	trisodium citrate dihydrate	1	reservoir
7	100 mM	HEPES	1	reservoir		pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9552 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9552 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 15208 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / R_sym value: 0.156
反射	PLUS Num. obs: 15406 / % possible obs: 95.9 % / Num. measured all: 219344 / R_merge(I) obs*: 0.064
反射シェル	PLUS % possible obs: 78.2 % / R_merge(I) obs*: 0.156

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.21→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 6.278 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27964	1537	10.1 %	RANDOM
R_work	0.22158	-	-	-
obs	0.22733	13671	95.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.706 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1869	0	43	131	2043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.885	1.962	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.942	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.279	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.3	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.395	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.097	1.5	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2	2	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.658	3	820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.25	4.5	834
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.209→2.266 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.666	100
R_work	0.652	878

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.28 / R_factor R_work: 0.221

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.885

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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