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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ovs | |||||||||
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タイトル | LecB (PA-LII) in complex with core trimannoside | |||||||||
要素 | hypothetical protein LecB仮説 | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / carbohydrate (炭水化物) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Loris, R. / Tielker, D. / Jaeger, K.-E. / Wyns, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003 タイトル: Structural Basis of Carbohydrate Recognition by the Lectin LecB from Pseudomonas aeruginosa 著者: Loris, R. / Tielker, D. / Jaeger, K.-E. / Wyns, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ovs.cif.gz | 101.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ovs.ent.gz | 78.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ovs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: LecB / プラスミド: pET22a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 9949495, UniProt: Q9HYN5*PLUS #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG8000, ammonium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 37858 / Num. obs: 37858 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.179 / Num. unique all: 3388 / % possible all: 87.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 138876 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |