ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→26.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 283277.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.269 | 713 | 8.3 % | RANDOM |
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Rwork | 0.186 | - | - | - |
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all | - | 16490 | - | - |
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obs | - | 8803 | 98.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.3607 Å2 / ksol: 0.348624 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -6.33 Å2 | 0 Å2 | 4.57 Å2 |
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2- | - | -3.15 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 9.48 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.36 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.24 Å | 0.15 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.55 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1718 | 0 | 1 | 194 | 1913 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.012 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.32 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.93 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.25 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.06 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.262 | 133 | 9.4 % |
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Rwork | 0.185 | 1275 | - |
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obs | - | 2424 | 95.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 8072 / Num. reflection Rfree: 731 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.28 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.8 | | | | | |
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