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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ory | ||||||
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タイトル | FLAGELLAR EXPORT CHAPERONE IN COMPLEX WITH ITS COGNATE BINDING PARTNER | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / flagellar chaperone / cytosolic export chaperone / flagellin (フラジェリン) / FliS / FliC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Evdokimov, A.G. / Phan, J. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Peters III, H.K. / Pokross, M. / Waugh, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Similar modes of polypeptide recognition by export chaperones in flagellar biosynthesis and type III secretion 著者: Evdokimov, A.G. / Phan, J. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Peters III, H.K. / Pokross, M. / Waugh, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ory.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ory.ent.gz | 36.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ory.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1ory ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1ory | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a heterodimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15534.850 Da / 分子数: 1 / 変異: M12Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: FliS / プラスミド: pKM1384 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), pRIL / 参照: UniProt: O67806 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 6173.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: FLAA OR FLIC OR AQ_1998 / プラスミド: pKM1384 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), pRIL / 参照: UniProt: O67803 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.22 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10% isopropanol, 200mM Lithium sulfate, citrate-phosphate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→27.7 Å / Num. all: 14386 / Num. obs: 14386 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.66 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 1610 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 13539 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0445 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Num. unique obs: 1492 / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OQP 解像度: 2.45→27.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 6.295 / SU ML: 0.144 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.773 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→27.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 100 Å / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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