+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1oqs | ||||||
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Title | Crystal Structure of RV4/RV7 Complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 inhibitor activity / phospholipase A2 / phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Daboia russellii siamensis (Siamese Russell's viper) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Perbandt, M. / Betzel, C. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2003 Title: Structure of the heterodimeric neurotoxic complex viperotoxin F (RV-4/RV-7) from the venom of Vipera russelli formosensis at 1.9 A resolution. Authors: Perbandt, M. / Tsai, I.H. / Fuchs, A. / Banumathi, S. / Rajashankar, K.R. / Georgieva, D. / Kalkura, N. / Singh, T.P. / Genov, N. / Betzel, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1oqs.cif.gz | 197.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1oqs.ent.gz | 167.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1oqs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13689.107 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Daboia russellii siamensis (Siamese Russell's viper) Secretion: venom / Species: Daboia russellii / Strain: siamensis / References: UniProt: P31100, phospholipase A2 #2: Protein | Mass: 13830.759 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Daboia russellii siamensis (Siamese Russell's viper) Secretion: venom / Species: Daboia russellii / Strain: siamensis / References: UniProt: Q02471, phospholipase A2 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | *PLUS Temperature: 289 K / pH: 4.5 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, Hamburg / Beamline: X11 |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→20 Å / Num. obs: 75576 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 25 Å / Num. obs: 74210 / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 1.95 Å / % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.281 |
-Processing
Software | Name: REFMAC / Version: 5.1.16 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 5.019 / SU ML: 0.144 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.178 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.415 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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