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万見
- PDB-1oij: Crystal structure of the alkylsulfatase AtsK, a non-heme Fe(II) a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oij
タイトルCrystal structure of the alkylsulfatase AtsK, a non-heme Fe(II) alphaketoglutarate dependent Dioxygenase in complex with alphaketoglutarate
要素(PUTATIVE ALKYLSULFATASE ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / JELLY ROLL
機能・相同性
機能・相同性情報


alkyl sulfatase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mueller, I. / Kahnert, A. / Pape, T. / Dierks, T. / Meyer-Klauke, W. / Kertesz, M.A. / Uson, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Alkylsulfatase Atsk: Insights Into the Catalytic Mechanism of the Fe(II) Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase Superfamily
著者: Mueller, I. / Kahnert, A. / Pape, T. / Sheldrick, G.M. / Meyer-Klaucke, W. / Dierks, T. / Kertesz, M.A. / Uson, I.
履歴
登録2003年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
B: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
C: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
D: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,73312
ポリマ－133,0574
非ポリマー6768
水12,448691
1
A: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4463
ポリマ－33,2761
非ポリマー1692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4173
ポリマ－33,2481
非ポリマー1692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4533
ポリマ－33,2831
非ポリマー1692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4173
ポリマ－33,2481
非ポリマー1692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.447, 144.876, 160.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A13 - 80
2111B13 - 80
3111C13 - 80
4111D13 - 80
1211A103 - 165
2211B103 - 165
3211C103 - 165
4211D103 - 165
1311A191 - 299
2311B191 - 299
3311C191 - 299
4311D191 - 299

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998, -0.001, -0.063), (0.001, -1), (-0.063, 0.998)1.03458, 1.48746, 0.01419
2given(0.999, 0.033, 0.042), (-0.05, 0.312, 0.949), (0.018, -0.949, 0.314)0.20811, 0.58879, 0.59361
3given(-0.999, -0.017, -0.027), (-0.02, -0.313, 0.949), (-0.025, 0.95, 0.313)1.31258, 1.04717, -0.6706

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要素

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PUTATIVE ALKYLSULFATASE ... , 3種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK / NON-HEME FE(II) ALPHA KETO GLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE / ALKYLSULFATASE


分子量: 33276.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSM 6884
由来: (天然) PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ)
株: S-313 / 参照: UniProt: Q9WWU5
#2: タンパク質 PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK / NON-HEME FE(II) ALPHA KETO GLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE / ALKYLSULFATASE


分子量: 33248.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSM 6884
由来: (天然) PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ)
株: S-313 / 参照: UniProt: Q9WWU5
#3: タンパク質 PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK / NON-HEME FE(II) ALPHA KETO GLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE / ALKYLSULFATASE


分子量: 33283.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSM 6884
由来: (天然) PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ)
株: S-313 / 参照: UniProt: Q9WWU5

-
非ポリマー , 3種, 699分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 50 MM NA ACETATE 50 MM NA CITRATE PH 5.5, 10 % PEG 4000 30 % GLYCEROL
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 mg/mlenzyme1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
325 mMammonium acetate1reservoiror 25-50mM ammonium sulfate
425 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
56-7 %PEG40001reservoir
630 %glycerol1reservoiror MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8126
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: PREMIRROR, TRIANGULAR MONOCHROMATOR, BENT MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→38.92 Å / Num. obs: 102501 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.65 % / Rmerge(I) obs: 0.1042 / Net I/σ(I): 13.51
反射 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4099 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 38.93 Å / Num. measured all: 472571 / Rmerge(I) obs: 0.104
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 94.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OIH

1oih


解像度: 2.1→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.795 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4763 4.8 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 94338 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20 Å2
2--2.51 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7708 0 44 691 8443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0217934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.9310801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2945969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.23253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2040.216
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3110.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.46124879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.82247848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.74543055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.98962953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1817 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.060.05
2Btight positional0.070.05
3Ctight positional0.070.05
4Dtight positional0.070.05
1Atight thermal0.230.5
2Btight thermal0.230.5
3Ctight thermal0.230.5
4Dtight thermal0.250.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.337 40
Rwork0.238 7208
精密化
*PLUS
最低解像度: 38.93 Å / % reflection Rfree: 4.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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