+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ohv | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 4-AMINOBUTYRATE-AMINOTRANSFERASE FROM PIG | |||||||||
Components | 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT ENZYME / AMINOTRANSFERASE / 4- AMINOBUTYRIC ACID / ANTIEPILEPTIC DRUG TARGET | |||||||||
Function / homology | Function and homology information (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / Degradation of GABA / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / 4-aminobutyrate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / behavioral response to cocaine ...(S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / Degradation of GABA / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / 4-aminobutyrate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / behavioral response to cocaine / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | SUS SCROFA (pig) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Storici, P. / Schirmer, T. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2004 Title: Structures of {Gamma}-Aminobutyric Acid (Gaba) Aminotransferase, a Pyridoxal 5'-Phosphate, and [2Fe-2S] Cluster-Containing Enzyme, Complexed with {Gamma}-Ethynyl-Gaba and with the Antiepilepsy Drug Vigabatrin Authors: Storici, P. / De Biase, D. / Bossa, F. / Bruno, S. / Mozzarelli, A. / Peneff, C. / Silverman, R. / Schirmer, T. #1: Journal: Biochemistry / Year: 1999 Title: Crystal Structure of Gaba-Aminotransferase, a Target for Antiepileptic Drug Therapy Authors: Storici, P. / Capitani, G. / De Biase, D. / Moser, M. / John, R.A. / Jansonius, J.N. / Schirmer, T. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1ohv.cif.gz | 369.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb1ohv.ent.gz | 301.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1ohv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohv | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1ohwC 1ohyC 1gtx C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 53368.996 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 29-500 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) SUS SCROFA (pig) / Organ: LIVER References: UniProt: P80147, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-PLP / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | pH: 5.7 / Details: pH 5.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 5.4 / Method: vapor diffusion, sitting drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Type: ESRF / Wavelength: 0.9 |
Detector | Detector: IMAGE PLATE |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→28.2 Å / Num. obs: 39236 / % possible obs: 90.8 % / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / % possible all: 93 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / Lowest resolution: 30 Å / Num. obs: 80297 / % possible obs: 90 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1GTX 1gtx Resolution: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.919 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.238 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.17 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|