[日本語] English
万見
- PDB-1oct: CRYSTAL STRUCTURE OF THE OCT-1 POU DOMAIN BOUND TO AN OCTAMER SIT... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oct
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE OCT-1 POU DOMAIN BOUND TO AN OCTAMER SITE: DNA RECOGNITION WITH TETHERED DNA-BINDING MODULES
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*G)-3')
  • PROTEIN (OCT-1 POU DOMAIN)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding ...RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
POU domain, class 2, transcription factor 1, C-terminal / POU domain, class 2, transcription factor 1 C-terminal / Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors ...POU domain, class 2, transcription factor 1, C-terminal / POU domain, class 2, transcription factor 1 C-terminal / Octamer-binding transcription factor / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / POU domain, class 2, transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Klemm, J.D. / Rould, M.A. / Aurora, R. / Herr, W. / Pabo, C.O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the Oct-1 POU domain bound to an octamer site: DNA recognition with tethered DNA-binding modules.
著者: Klemm, J.D. / Rould, M.A. / Aurora, R. / Herr, W. / Pabo, C.O.
履歴
登録1994年5月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*C)-3')
C: PROTEIN (OCT-1 POU DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1913
ポリマ－27,1913
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.500, 89.800, 80.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4657.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4518.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (OCT-1 POU DOMAIN)


分子量: 18014.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14859

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMdithiothreitol1drop
330-34 %PEG33501drop
40.10-0.15 Mammonium sulphate1drop
50.05 Mcitrate1drop
60.05 Mcitrate1reservoir

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 6998 / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 22955 / Rmerge(I) obs: 0.065

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
TNT精密化
精密化解像度: 3→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.237 -
obs0.237 6998
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 609 0 0 1670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 6998 / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る