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- PDB-1o5u: Crystal structure of a duf861 family protein (tm1112) from thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5u
タイトルCrystal structure of a duf861 family protein (tm1112) from thermotoga maritima at 1.83 A resolution
要素novel Thermotoga maritima enzyme TM1112
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Cupin / novel thermotoga maritima enzyme / structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / (S)-ureidoglycine aminohydrolase cupin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a novel Thermotoga maritima enzyme (TM1112) from the cupin family at 1.83 A resolution
著者: McMullan, D. / Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Klock, H.E. / Vincent, J. / Quijano, K. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Dai, X. ...著者: McMullan, D. / Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Klock, H.E. / Vincent, J. / Quijano, K. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshaghi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Karlak, C. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Levin, I. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Reyes, R. / Rezezadeh, F. / Robb, A. / Sims, E. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN THE UNIDENTIFIABLE SPECIES COVALENTLY BOUND TO LYS84 HAS BEEN MODELED AS RESIDUE UNL, ...HETEROGEN THE UNIDENTIFIABLE SPECIES COVALENTLY BOUND TO LYS84 HAS BEEN MODELED AS RESIDUE UNL, UNKNOWN LIGAND, AND ATOM TYPE C TO ACCOUNT FOR THE SCATTERING STRENGTH.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: novel Thermotoga maritima enzyme TM1112
B: novel Thermotoga maritima enzyme TM1112


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4725
ポリマ－24,4722
非ポリマー03
水5,080282
1
A: novel Thermotoga maritima enzyme TM1112


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2362
ポリマ－12,2361
非ポリマー01
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: novel Thermotoga maritima enzyme TM1112


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2363
ポリマ－12,2361
非ポリマー02
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.627, 74.729, 42.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 novel Thermotoga maritima enzyme TM1112


分子量: 12236.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: TM1112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0J6
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 25.5% PEG-4000, 0.17M ammonium sulfate, 15% glycerol anhydrous , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
419 mg/mlprotein1drop
525.5 %PEG40001reservoir
615 %glycerol1reservoir
70.17 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97001
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月3日
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→36.76 Å / Num. all: 21322 / Num. obs: 21322 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 36.92 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.81→1.85 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 461 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 34.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.83 Å / 最低解像度: 27.98 Å / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 53783 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.83 Å / 最低解像度: 1.86 Å / % possible obs: 84.6 % / Rmerge(I) obs: 0.307

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA5.0)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1lkn

1lkn


解像度: 1.83→27.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.52 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE UNIDENTIFIABLE SPECIES COVALENTLY BOUND TO LYS84 HAS BEEN MODELED AS RESIDUE UNL, UNKNOWN LIGAND, AND ATOM TYPE C TO ACCOUNT FOR ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE UNIDENTIFIABLE SPECIES COVALENTLY BOUND TO LYS84 HAS BEEN MODELED AS RESIDUE UNL, UNKNOWN LIGAND, AND ATOM TYPE C TO ACCOUNT FOR THE SCATTERING STRENGTH.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22239 1071 5 %RANDOM
Rwork0.17011 ---
obs0.17277 20232 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20.38 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→27.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 13 282 1799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.9572097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84233280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8845174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.75124.72272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7115299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.74156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.21367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0780.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3430.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.361.51181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49621454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8213930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5064.5643
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.879 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 61 4.05 %
Rwork0.197 1445 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4003-0.36710.42842.2828-0.04492.02220.0301-0.28250.13170.17080.02870.15160.1839-0.0118-0.0588-0.1647-0.01960.0346-0.2042-0.0108-0.212913.2477-0.650312.6328
22.8504-0.004-0.93052.75970.46974.2698-0.06720.0387-0.24890.17870.0858-0.1594-0.06320.0994-0.0186-0.20880.0012-0.0437-0.19470.0203-0.181731.4617-19.48776.4856
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 2 - 89 / Label seq-ID: 14 - 101

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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