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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o3r | |||||||||
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タイトル | PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES | |||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / CAP / CAP-DNA / CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / CAMP RECEPTOR PROTEIN / CRP / GENE REGULATION-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, S. / Vojtechovsky, J. / Parkinson, G.N. / Ebright, R.H. / Berman, H.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Indirect Readout of DNA Sequence at the Primary-kink Site in the CAP-DNA Complex: DNA Binding Specificity Based on Energetics of DNA Kinking 著者: Chen, S. / Vojtechovsky, J. / Parkinson, G.N. / Ebright, R.H. / Berman, H.M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Indirect Readout of DNA Sequence at the Primary-kink Site in the CAP-DNA Complex: Alteration of DNA Binding Specificity Through Alteration of DNA Kinking 著者: Chen, S. / Gunasekera, A. / Zhang, X. / Kunkel, T.A. / Ebright, R.H. / Berman, H.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o3r.cif.gz | 70 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o3r.ent.gz | 49.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o3r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1o3r_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1o3r_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1o3r_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1o3r_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/1o3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/1o3r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3390.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4549.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 22558.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8 | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.23 詳細: PEG 8000, 1,4-DIOXANE, MES, NACL, MGCL2, CAMP, pH 6.23, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 9519 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / % possible all: 97.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 9769 / Num. measured all: 94538 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2839655.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.85 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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