PDB-1nx8: Structure of carbapenem synthase (CarC) complexed with N-acetyl p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nx8

タイトル

Structure of carbapenem synthase (CarC) complexed with N-acetyl proline

要素

Carbapenem synthase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / jelly roll

機能・相同性

機能・相同性情報

(5R)-carbapenem-3-carboxylate synthase /

dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium carotovorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Clifton, I.J. / Doan, L.X. / Sleeman, M.C. / Topf, M. / Suzuki, H. / Wilmouth, R.C. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of carbapenem synthase (CarC).
著者: Clifton, I.J. / Doan, L.X. / Sleeman, M.C. / Topf, M. / Suzuki, H. / Wilmouth, R.C. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2003年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年7月11日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2016年8月17日	Group: Non-polymer description
改定 2.0	2023年8月16日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nx8.cif.gz	168.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nx8.ent.gz	133.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nx4SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nx4-1 3bf3-d 10203 5ddi-1 3bex-d 3esh-1 2gtd-d 5c7l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbapenem synthase

B: Carbapenem synthase

C: Carbapenem synthase

ヘテロ分子

95.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbapenem synthase

B: Carbapenem synthase

C: Carbapenem synthase

ヘテロ分子

A: Carbapenem synthase

B: Carbapenem synthase

C: Carbapenem synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
192 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.443, 164.082, 146.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C
7	1	A
8	1	B
9	1	C
10	1	A
11	1	B
12	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLU	GLU	A	A	2 - 66	2 - 66
2	1	SER	SER	GLU	GLU	B	B	2 - 66	2 - 66
3	1	SER	SER	GLU	GLU	C	C	2 - 66	2 - 66
4	2	THR	THR	GLY	GLY	A	A	81 - 104	81 - 104
5	2	THR	THR	GLY	GLY	B	B	81 - 104	81 - 104
6	2	THR	THR	GLY	GLY	C	C	81 - 104	81 - 104
7	3	SER	SER	VAL	VAL	A	A	109 - 159	109 - 159
8	3	SER	SER	VAL	VAL	B	B	109 - 159	109 - 159
9	3	SER	SER	VAL	VAL	C	C	109 - 159	109 - 159
10	4	TRP	TRP	ASP	ASP	A	A	173 - 272	173 - 272
11	4	TRP	TRP	ASP	ASP	B	B	173 - 272	173 - 272
12	4	TRP	TRP	ASP	ASP	C	C	173 - 272	173 - 272

詳細

The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the operation: -x, y, 1/2-z

#1: タンパク質	Carbapenem synthase / CarC 分子量: 31649.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア) 遺伝子: CarC / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9XB59
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-N7P / 1-ACETYL-L-PROLINE / N-ACETYLPROLINE / N-アセチル-L-プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 157.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, ammonium acetate, isopropanol, Tris, iron sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	24 mg/ml	CarC	1	drop
2	10 mM	2OG	1	drop
3	5 mM		1	drop	FeSO4
4	4 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
5	400 mM		1	reservoir	NH4Ac
6	10 %(w/v)	i-PrOH	1	reservoir
7	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.5
8	5 mM		1	reservoir	FeSO4
9	10 mM	dipotassium 2OG	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→24.885 Å / Num. all: 157442 / Num. obs: 41629 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 42.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.6
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 41822 / Num. measured all*: 157442
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / % possible obs*: 98.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NX4

1nx4

解像度: 2.3→81.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 7.917 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2751	2082	5 %	RANDOM
R_work	0.22751	-	-	-
all	0.22991	41629	-	-
obs	0.22991	39546	95.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.561 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→81.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6063	0	55	232	6350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.932	8468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.81	3	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.968	15	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.115	0.3	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.5	928
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.205	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.114	0.3	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.556	1.5	3710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.988	2	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.686	3	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.614	4.5	2521

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	50	tight positional	0.04	0.05
2	B	50	tight positional	0.04	0.05
3	C	50	tight positional	0.04	0.05
1	A	1864	medium positional	0.19	0.5
2	B	1864	medium positional	0.21	0.5
3	C	1864	medium positional	0.17	0.5
1	A	50	tight thermal	0.11	0.5
2	B	50	tight thermal	0.13	0.5
3	C	50	tight thermal	0.1	0.5
1	A	1864	medium thermal	0.67	2
2	B	1864	medium thermal	0.73	2
3	C	1864	medium thermal	0.65	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.34	157
R_work	0.284	2923
obs	-	3080

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9476	-0.2997	-0.9245	2.5124	-0.1396	4.147	0.0834	0.0813	-0.0569	-0.4407	-0.0032	0.026	0.1136	0.1381	-0.0803	0.2803	0.0132	0.0498	0.1359	-0.0454	0.0257	9.889	57.558	7.077
2	0.4626	0.2205	-0.0772	1.6436	0.4333	2.1289	0.0953	0.0279	0.1006	-0.1898	0.0928	-0.3694	-0.158	0.6966	-0.1881	0.2304	-0.0497	0.1419	0.2889	-0.0657	0.1513	23.003	65.906	18.151
3	0.536	0.4113	0.185	2.0993	0.3385	1.9941	0.0675	0.0766	0.0276	-0.0827	0.0632	-0.3273	-0.1763	0.6205	-0.1307	0.1816	-0.0535	0.1122	0.2672	-0.0543	0.0931	22.751	66.41	20.68
4	1.0756	-0.1303	0.504	1.5913	0.6556	3.8506	-0.0991	0.1375	0.2415	-0.1264	0.0828	0.0649	-0.7134	0.0233	0.0163	0.4131	-0.032	0.0194	0.0632	0.0016	0.0693	4.513	86.296	51.384
5	0.395	-0.1524	0.4132	1.4261	0.39	1.5036	-0.0166	0.048	0.0562	0.0562	0.17	-0.2511	-0.2161	0.3	-0.1533	0.2317	-0.0806	0.0086	0.1225	-0.0412	0.0794	17.88	75.386	57.132
6	0.2193	-0.0688	0.2778	1.8595	-0.014	1.868	-0.013	0.0069	0.0553	0.0102	0.1117	-0.2737	-0.19	0.3618	-0.0987	0.2231	-0.0715	0.0041	0.1168	-0.0508	0.0617	18.299	71.507	54.958
7	1.5064	-0.445	0.6605	4.2721	-1.1765	3.052	0.2221	-0.2437	-0.0908	0.1639	-0.0695	0.1013	0.4549	-0.1207	-0.1526	0.2988	-0.0104	-0.1109	0.1004	0.0025	0.0667	3.691	33.413	53.81
8	0.8576	-0.292	0.232	1.3953	-0.3004	1.5618	0.214	0.0581	-0.115	-0.0645	-0.0777	-0.2747	0.4445	0.438	-0.1364	0.2639	0.1485	-0.0852	0.1639	-0.0425	0.1275	19.624	37.262	44.103
9	0.7121	-0.1528	0.0635	1.2928	-0.0614	2.156	0.1898	0.0794	-0.1149	-0.0115	-0.055	-0.2459	0.2206	0.4488	-0.1348	0.245	0.1471	-0.0958	0.1728	-0.0526	0.1013	19.896	39.076	42.174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 66	2 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	79 - 160	79 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	173 - 272	173 - 272
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2 - 67	2 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	74 - 160	74 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	172 - 272	172 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	2 - 66	2 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	80 - 160	80 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	173 - 272	173 - 272

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.275 / R_factor R_work: 0.23

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.725

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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