PDB-1nw6: Structure of the beta class N6-adenine DNA methyltransferase RsrI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nw6

タイトル

Structure of the beta class N6-adenine DNA methyltransferase RsrI bound to sinefungin

要素

MODIFICATION METHYLASE RSRI

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / ADENINE DNA METHYLTRANSFERASE / SINEFUNGIN /

ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド)

機能・相同性

機能・相同性情報

N-methyltransferase activity /

Damメチラーゼ /

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Thomas, C.B. / Scavetta, R.D. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structures of liganded and unliganded RsrI N6-adenine DNA methyltransferase: a distinct orientation for active cofactor binding
著者: Thomas, C.B. / Scavetta, R.D. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A.

履歴

登録	2003年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nw6.cif.gz	72.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nw6.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nw6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/1nw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/1nw6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nw5C 1nw7C 1nw8C 1eg2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nw5-d 1nw7-d 1eg2-d 3t5q-5 6ek1-d 3t7e-d 1k30-d 4o1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MODIFICATION METHYLASE RSRI

ヘテロ分子

36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: MODIFICATION METHYLASE RSRI

ヘテロ分子

A: MODIFICATION METHYLASE RSRI

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.428, 130.070, 67.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

the other half of the putative dimer is related by a 2-fold rotation about the y axis

#1: タンパク質	MODIFICATION METHYLASE RSRI / Adenine-specific methyltransferase RsrI / M.RsrI / DNA methyltransferase RsrI 分子量: 35702.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: rsrIM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14751, Damメチラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: lithium sulfate, HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	2.0 mg/ml	protein	1	drop
2	1-20 mM	sinefungin	1	reservoir
3	100 mM	HEPES	1	reservoir	pH7.4
4	1.5 M		1	reservoir		Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→28 Å / Num. all: 23315 / Num. obs: 23268 / % possible obs: 99.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 2292 / R_sym value: 0.167 / % possible all: 99.8
反射	PLUS Num. measured all: 78952 / R_merge(I) obs*: 0.038
反射シェル	PLUS Num. possible: 7600 / Num. unique obs: 2292 / Num. measured obs: 99.8 / R_merge(I) obs*: 0.167

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EG2

1eg2

解像度: 1.94→28.13 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 885171.71 / Data cutoff high rms absF: 885171.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	2289	9.9 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.22	23210	99.6 %	-
all	-	23257	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 42.2848 Å² / k_sol: 0.366466 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.83 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.28 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.18 Å	0.14 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→28.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2155	0	29	136	2320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.35	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.06	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.05	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.98	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.94→2.06 Å / R_factor R_free error: 0.015 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	370	9.7 %
R_work	0.246	3441	-
obs	-	-	99.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP_CBT.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	COFACTORS.PARAM	COFACTORS.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM	ION.TOP

精密化

*PLUS

最低解像度: 28 Å / Num. reflection obs: 23268 / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.25

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.8

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.31 / R_factor R_work: 0.25 / Num. reflection R_work: 2292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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