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- PDB-1nnb: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INFLUENZA A N9 NEURAMINIDASE AND I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nnb
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INFLUENZA A N9 NEURAMINIDASE AND ITS COMPLEX WITH THE INHIBITOR 2-DEOXY 2,3-DEHYDRO-N-ACETYL NEURAMINIC ACID
要素NEURAMINIDASEノイラミニダーゼ
キーワードHYDROLASE(O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bossart-Whitaker, P. / Carson, M. / Babu, Y.S. / Smith, C.D. / Laver, W.G. / Air, G.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of influenza A N9 neuraminidase and its complex with the inhibitor 2-deoxy 2,3-dehydro-N-acetyl neuraminic acid.
著者: Bossart-Whitaker, P. / Carson, M. / Babu, Y.S. / Smith, C.D. / Laver, W.G. / Air, G.M.
#1: ジャーナル: Thesis / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure of Influenza A(Slash)Tern(Slash)Australia(Slash)G70C(Slash)75 N9 Neuraminidase and its Complex with the Inhibitor 2-Deoxy-2,3-Dehydro N-Acetyl Neuraminic Acid
著者: Bossart-Whitaker, P.J.
#2: ジャーナル: Virology / 年: 1991
タイトル: Transfer of the Hemagglutinin Activity of Influenza Virus Neuraminidase Subtype N9 Into an N2 Background
著者: Nuss, J.M. / Air, G.M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Atomic Structures of N9 Subtype Influenza Virus Neuraminidase and Escape Mutants
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Van Donkelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 1987
タイトル: Three-Dimensional Structure of Neuraminidase of Subtype N9 from an Avian Influenza Virus
著者: Baker, A.T. / Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Colman, P.M.
#5: ジャーナル: Virology / 年: 1985
タイトル: Gene and Protein Sequence of an Influenza Neuraminidase with Hemagglutinin Activity
著者: Air, G.M. / Ritchie, L.R. / Laver, W.G. / Colman, P.M.
#6: ジャーナル: Virology / 年: 1984
タイトル: Influenza Virus Neuraminidase with Hemagglutinin Activity
著者: Laver, W.G. / Colman, P.M. / Webster, R.G. / Hinshaw, V.S.
#7: ジャーナル: Bull.Who. / 年: 1980
タイトル: Memorandum: A Revision of the System of Nomenclature for Influenza Viruses
履歴
登録1993年3月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42020年4月22日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / Item: _chem_comp.type / _entity.src_method
改定 1.52020年7月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn ...pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700SHEET STRAND 1 OF SHEET S3 (LEU 225 - HIS 235) IS NOT REALLY PART OF THE SHEET BY H-BONDING ...SHEET STRAND 1 OF SHEET S3 (LEU 225 - HIS 235) IS NOT REALLY PART OF THE SHEET BY H-BONDING CRITERIA BECAUSE IT IS IN AN EXTENDED CONFORMATION. OTHERS HAVE BEEN INCLUDED IN THE SHEET MOSTLY FOR THE SAKE OF SYMMETRY; I.E., THE STRUCTURE THEN CONSISTS OF SIX SHEETS OF FOUR ANTIPARALLEL STRANDS EACH.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8983
ポリマ－43,5671
非ポリマー3312
水0
1
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,59212
ポリマ－174,2664
非ポリマー1,3258
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
Buried area15680 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area45310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)183.780, 183.780, 183.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 328 / 2: CIS PROLINE - PRO 433

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要素

#1: タンパク質 NEURAMINIDASE / ノイラミニダーゼ


分子量: 43566.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 株: A/Tern/Australia/G70C/75 H11N9 / 細胞株: S2 / 参照: UniProt: P03472, ノイラミニダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H17NO8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.7 M / 一般名: potassium phosphate

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→6 Å
詳細: RESIDUE 336 IS GLY. IT WAS REFINED AS ASN AND THE AUTHORS NOTED THAT THE SIDE CHAIN OF THIS RESIDUE NEVER DISPLAYED DENSITY (SEE FIGURE 3A OF THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE). THE ...詳細: RESIDUE 336 IS GLY. IT WAS REFINED AS ASN AND THE AUTHORS NOTED THAT THE SIDE CHAIN OF THIS RESIDUE NEVER DISPLAYED DENSITY (SEE FIGURE 3A OF THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE). THE AUTHORS BELIEVE THAT CHANGING IT TO GLY WILL HAVE A NEGLIGIBLE EFFECT ON THE REST OF THE STRUCTURE.
Rfactor反射数
Rwork0.179 -
obs0.179 10389
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3056 0 21 0 3077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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