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- PDB-1nk3: VND/NK-2 HOMEODOMAIN/DNA COMPLEX, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nk3
タイトルVND/NK-2 HOMEODOMAIN/DNA COMPLEX, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*T)-3')
  • HOMEOBOX PROTEIN VNDホメオボックス
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / HOMEODOMAIN (ホメオボックス) / HOMEOBOX (ホメオボックス) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / EMBRYONIC DEVELOPMENT (胚) / COMPLEX (HOMEODOMAIN-DNA) / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neuroblast development / neuroblast fate determination / glial cell development / brain development / DNA-binding transcription factor binding / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II ...neuroblast development / neuroblast fate determination / glial cell development / brain development / DNA-binding transcription factor binding / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein vnd
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Gruschus, J.M. / Tsao, D.H.H. / Wang, L.-H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Interactions of the vnd/NK-2 homeodomain with DNA by nuclear magnetic resonance spectroscopy: basis of binding specificity.
著者: Gruschus, J.M. / Tsao, D.H. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Interactions of the Vnd/Nk-2 Homeodomain with DNA by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy: Basis of Binding Specificity
著者: Gruschus, J.M. / Tsao, D.H. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Three-Dimensional Solution Structure of the Nk-2 Homeodomain from Drosophila
著者: Tsao, D.H. / Gruschus, J.M. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Elongation of Helix III of the Nk-2 Homeodomain Upon Binding to DNA: A Secondary Structure Study by NMR
著者: Tsao, D.H. / Gruschus, J.M. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A.
履歴
登録1998年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
P: HOMEOBOX PROTEIN VND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1713
ポリマ－19,1713
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 80LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*T)-3')


分子量: 4960.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4836.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 HOMEOBOX PROTEIN VND / ホメオボックス / VND/NK-2 HOMEODOMAIN / VENTRAL NERVOUS SYSTEM DEFECTIVE PROTEIN / HOMEOBOX PROTEIN NK-2


分子量: 9374.741 Da / 分子数: 1 / Fragment: HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: POTENTIAL / 器官: FRUIT果物 / プラスミド: PET11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22808

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED 3D NOESY H2O
12113C-EDITED 3D NOESY D2O
13112C-FILTERED 2D NOESY D2O
1411-1 SEMISELECTIVE 2D NOESY H2O
151DEUTERIUM EXCHANGE 15N 2D HMQC H2O
161QUANTITATIVE HN-HALPHA J-COUPLING
NMR実験の詳細Text: THIS MODEL IS THE AVERAGE STRUCTURE OF THE ENSEMBLE OF 20 STRUCTURES (1NK2). THE UNSTRUCTURED N-TERMINAL AND C-TERMINAL AMINO ACIDS (P 101-P 107 AND P 171-P 177 IN PDB ENTRY 1NK2) WERE REMOVED ...Text: THIS MODEL IS THE AVERAGE STRUCTURE OF THE ENSEMBLE OF 20 STRUCTURES (1NK2). THE UNSTRUCTURED N-TERMINAL AND C-TERMINAL AMINO ACIDS (P 101-P 107 AND P 171-P 177 IN PDB ENTRY 1NK2) WERE REMOVED PRIOR TO MINIMIZATION OF THE AVERAGE STRUCTURE BY THE MD_SCHE DULE PROGRAM OF INSIGHTII/NMR REFINE, SUBJECT TO ALL EXPERIMENTAL RESTRAINTS FOR THE DNA AND REMAINING PROTEIN RESIDUES. THE REMAINING PROTEIN RESIDUES ARE RENUMBERED STARTING WITH P 100 SO THAT THE RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE STANDARD, CANONICAL NUMBER ING SCHEME FOR HOMEODOMAINS.

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試料調製

詳細内容: H2O
試料状態イオン強度: 60mM / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
INSIGHT II 97 AUTHOR : MSIMSI精密化
NMR REFINEREFINE構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NMR REFINE/INSIGHT II 97
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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