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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nie | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF CU-NITRITE REDUCTASE FROM ACHROMOBACTER CYCLOCLASTES AT FIVE PH VALUES, WITH NITRITE BOUND AND WITH TYPE II CU DEPLETED | ||||||
要素 | NITRITE REDUCTASE銅含有亜硝酸還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (NITRIC OXIDE(A)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 denitrification pathway / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / ペリプラズム / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Achromobacter cycloclastes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Adman, E.T. / Godden, J.W. / Turley, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: The structure of copper-nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes at five pH values, with NO2- bound and with type II copper depleted. 著者: Adman, E.T. / Godden, J.W. / Turley, S. #1: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: The 2.3 Angstrom X-Ray Structure of Nitrite Reductase from Achromobacter Cycloclastes 著者: Godden, J.W. / Turley, S. / Teller, D.C. / Adman, E.T. / Liu, M.Y. / Payne, W.J. / Legall, J. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Amino Acid Sequence of Nitrite Reductase: A Copper Protein from Achromobacter Cycloclastes 著者: Fenderson, F.F. / Kumar, S. / Adman, E.T. / Liu, M.-Y. / Payne, W.J. / Legall, J. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization of Nitrite Reductase from Achromobacter Cycloclastes 著者: Turley, S. / Adman, E.T. / Sieker, L.C. / Liu, M.-Y. / Payne, W.J. / Legall, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nie.cif.gz | 82.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nie.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nie.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1nie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1nie | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 23 / 2: CIS PROLINE - PRO 69 | ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37059.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 5.0 ("PH5") 由来: (天然) Achromobacter cycloclastes (バクテリア) 参照: UniProt: P25006, EC: 1.7.99.3 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | NOTE THAT A NUMBER OF WATERS HAVE OCCUPANCY GREATER THAN 1.0. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 23217 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 |
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反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 19502 / % possible obs: 79 % / Rmerge(I) obs: 0.034 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 / 詳細: HIS 306 HAS SOMEWHAT DISTORTED GEOMETRY. /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |