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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n9z | ||||||
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タイトル | INTEGRIN ALPHA M I DOMAIN MUTANT | ||||||
要素 | Integrin alpha-M | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement receptor mediated signaling pathway / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cargo receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / response to mechanical stimulus / forebrain development / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / positive regulation of superoxide anion generation / integrin-mediated signaling pathway / response to ischemia / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / 細胞接着 / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 細胞接着 / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | McCleverty, C.J. / Liddington, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003 タイトル: Engineered allosteric mutants of the integrin alphaMbeta2 I domain: structural and functional studies 著者: McCleverty, C.J. / Liddington, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n9z.cif.gz | 51.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n9z.ent.gz | 35.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n9z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n9z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21980.178 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha M I domain / 変異: C128A D132C K315C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM OR CR3A OR CD11B / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3000, sodium chloride, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月8日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 6234 / Num. obs: 6099 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / % possible all: 87.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 6234 / Num. measured all: 14631 / Rmerge(I) obs: 0.111 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1IDO 解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 303730.5 / Data cutoff high rms absF: 303730.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.2486 Å2 / ksol: 0.254147 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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