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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n4j | ||||||
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タイトル | STREPTAVIDIN MUTANT N23A AT 2.18A | ||||||
要素 | Streptavidinストレプトアビジン | ||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN / homotetramer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / isomorphous / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Structural studies of hydrogen bonds in the high-affinity streptavidin-biotin complex: mutations of amino acids interacting with the ureido oxygen of biotin. 著者: Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n4j.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n4j.ent.gz | 23.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n4j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13238.311 Da / 分子数: 1 / 断片: core streptavidin, residues 13-139 / 変異: N23A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 遺伝子: core streptavidin / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22629 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG4000, phosphate buffer, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月3日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→50 Å / Num. all: 26865 / Num. obs: 26865 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 8077 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 62 % / Rmerge(I) obs: 0.25 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: isomorphous 開始モデル: 1RST 解像度: 2.18→10 Å / Num. parameters: 3649 / Num. restraintsaints: 3560 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 799 / Occupancy sum non hydrogen: 911.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.187 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |