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万見
- PDB-1n10: Crystal Structure of Phl p 1, a Major Timothy Grass Pollen Allergen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n10
タイトルCrystal Structure of Phl p 1, a Major Timothy Grass Pollen Allergen
要素Pollen allergen Phl p 1
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / Plant allergen / phl p 1 / expansin / immunoglobulin-like fold / double-psi beta barrel / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


有性生殖 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Major pollen allergen Lol pI / Expansin/Lol pI / Rare lipoprotein A (RlpA)-like double-psi beta-barrel / Expansin, Cellulose-binding-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain ...Major pollen allergen Lol pI / Expansin/Lol pI / Rare lipoprotein A (RlpA)-like double-psi beta-barrel / Expansin, Cellulose-binding-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / Lytic transglycolase / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pollen allergen Phl p 1
類似検索 - 構成要素
生物種Phleum pratense (オオアワガエリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Ball, T. / Leistler, B. / Valenta, R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Phl p 1, a Major Timothy Grass Pollen Allergen
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Leistler, B. / Valenta, R. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: INT.ARCH.ALLERGY.IMMUNOL / 年: 1997
タイトル: X-ray Crystal Structures of Birch Pollen Profilin and Phl p 2
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Valenta, R. / Almo, S.C.
#2: ジャーナル: STRUCTURE / 年: 1997
タイトル: The molecular basis for allergen cross-reactivity: crystal structure and IgE-epitope mapping of birch pollen profilin
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Mahoney, N.M. / Valenta, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2002年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pollen allergen Phl p 1
B: Pollen allergen Phl p 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9744
ポリマ－52,5312
非ポリマー4422
水0
1
A: Pollen allergen Phl p 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4872
ポリマ－26,2661
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pollen allergen Phl p 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4872
ポリマ－26,2661
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.685, 65.526, 144.769
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Pollen allergen Phl p 1 / Phl p I


分子量: 26265.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ)
遺伝子: PHLPI
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43213
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.584 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月29日
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 12934 / Num. obs: 12934 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 39.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: througout / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 664 5.1 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all0.243 12934 --
obs0.243 12934 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 10.04 Å2 / ksol: 0.271776 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 28 0 3540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 61 5.1 %
Rwork0.298 1932 -
obs-1213 95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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