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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1my4 | ||||||
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タイトル | crystal structure of glutamate receptor ligand-binding core in complex with iodo-willardiine in the Zn crystal form | ||||||
![]() | GLUTAMATE RECEPTOR 2![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, R. / Gouaux, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the Function, Conformational Plasticity, and Dimer-Dimer Contacts of the GluR2 Ligand-Binding Core: Studies of 5-Substituted Willardiines and GluR2 S1S2 in the Crystal 著者: Jin, R. / Gouaux, E. #1: ![]() タイトル: PARTIAL AGONIST ACTION DEFINED BY STABILIZATION OF SPECIFIC CONFORMATIONAL SUBSTATES 著者: Jin, R. / Bank, T. / Mayer, M.L. / Traynelis, S. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 29221.682 Da / 分子数: 3 / 断片: LIGAND BINDING CORE (S1S2J) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4K, ammonium sulfate, zinc acetate and Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 68374 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / % possible all: 79.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.6 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 79.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FTM 解像度: 1.9→29.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2445423.16 / Data cutoff high rms absF: 2445423.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.0972 Å2 / ksol: 0.379096 e/Å3 | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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