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Yorodumi- PDB-1mw8: Crystal Structure of a Complex between H365R mutant of 67 kDA N-t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1mw8 | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Complex between H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I and 5'-ACTTCGGGATG-3' | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE / DNA TOPOISOMERASE / DECATENASE ENZYME / TOPRIM DOMAIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Perry, K. / Mondragon, A. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2003 Title: Structure of a Complex between E. coli DNA Topoisomerase I and Single-Stranded DNA. Authors: Perry, K. / Mondragon, A. #1: Journal: Nature / Year: 1994 Title: Three-dimensional structure of the 67K N-terminal fragment of E. coli DNA topoisomerase I Authors: Lima, C.D. / Wang, J.C. / Mondragon, A. | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE THE AUTHOR'S SEQUENCE HAS ASN AT POSITION 549, WHICH HAS BEEN CONFIRMED BY SEQUENCING THE GENE. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1mw8.cif.gz | 145.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1mw8.ent.gz | 112.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1mw8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mw8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: DNA chain | Mass: 3389.221 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically | ||||
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#2: Protein | Mass: 66930.812 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: 67 kDa N-terminal fragment / Mutation: H365R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: TopA / Plasmid: pGEX-4T / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DH5alpha / References: UniProt: P06612, DNA topoisomerase | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-TMP / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.26 % | ||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K | ||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→35 Å / Num. obs: 53723 / % possible obs: 95.5 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||
Reflection | *PLUS Num. measured all: 209779 | |||||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 66.4 % / Rmerge(I) obs: 0.334 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: H365R mutant, apo form Resolution: 1.9→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Cross valid method: THROUGHOUT / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.266 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→70.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 70 Å / Num. reflection Rfree: 2749 / Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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