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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1muu | |||||||||
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Title | 2.0 A crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase | |||||||||
![]() | GDP-mannose 6-dehydrogenase![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase: A key enzyme of alginate biosynthesis in P. aeruginosa Authors: Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J. #1: ![]() Title: Allosterism and cooperativity in Pseudomonas aeruginosa GDP-mannose dehydrogenase Authors: Naught, L.E. / Gilbert, S. / Imhoff, R. / Snook, C. / Beamer, L. / Tipton, P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 348.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 283.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 48078.469 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / | ![]() #3: Chemical | ChemComp-NAD / ![]() #4: Chemical | ChemComp-GDX / #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 323 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 8% MPD, 100 mM Na acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD | ||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 128981 / Num. obs: 128981 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.103 Å / % possible all: 90.2 | ||||||||||||
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2 Å / Num. obs: 129450 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 975001 / Rmerge(I) obs: 0.088 | ||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.58 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2605 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.02→2.08 Å /
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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