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- PDB-1muh: CRYSTAL STRUCTURE OF TN5 TRANSPOSASE COMPLEXED WITH TRANSPOSON END DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1muh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TN5 TRANSPOSASE COMPLEXED WITH TRANSPOSON END DNA
要素
  • DNA NON-TRANSFERRED STRAND
  • DNA TRANSFERRED STRAND
  • Tn5 transposase
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSPOSASE / RIBONUCLEASE H-LIKE MOTIF / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / SYNAPTIC COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal / Transposase, Tn5-like, C-terminal / Transposase, Tn5-like, N-terminal domain superfamily / : ...Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal / Transposase, Tn5-like, C-terminal / Transposase, Tn5-like, N-terminal domain superfamily / : / Transposase DDE domain / Transposase DNA-binding / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Transposase for transposon Tn5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Davies, D.R. / Goryshin, I.Y. / Reznikoff, W.S. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional structure of the Tn5 synaptic complex transposition intermediate.
著者: Davies, D.R. / Goryshin, I.Y. / Reznikoff, W.S. / Rayment, I.
履歴
登録2002年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年9月27日ID: 1F3I
改定 1.02002年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA TRANSFERRED STRAND
C: DNA NON-TRANSFERRED STRAND
A: Tn5 transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1915
ポリマ－66,1123
非ポリマー792
水5,513306
1
B: DNA TRANSFERRED STRAND
C: DNA NON-TRANSFERRED STRAND
A: Tn5 transposase
ヘテロ分子

B: DNA TRANSFERRED STRAND
C: DNA NON-TRANSFERRED STRAND
A: Tn5 transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,38210
ポリマ－132,2236
非ポリマー1584
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)113.700, 113.700, 228.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細HOMODIMER, the second half is generated by: ROTATION MATRIX: 0.50000 0.86603 0.00000 0.86603 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 -1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS -0.00049 -0.00062 -38.01598

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 DNA TRANSFERRED STRAND


分子量: 6213.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRANSPOSASE RECOGNITION SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE TN5 TRANSPOSON
#2: DNA鎖 DNA NON-TRANSFERRED STRAND


分子量: 6052.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRANSPOSASE RECOGNITION SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE TN5 TRANSPOSON

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Tn5 transposase / PLASPOSON PTNMOD-OCM /


分子量: 53845.652 Da / 分子数: 1 / Mutation: E54K, M56A, L372P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)pLysS / 参照: UniProt: Q46731

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非ポリマー , 3種, 308分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: PEG400, Succinate, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG40011
2Succinateコハク酸11
結晶化
*PLUS
pH: 7.7 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.3 M1dropKCl
220 mMHEPES1droppH7.7
32 mMEDTA1drop
410 mg/mlprotein1drop
530 %(w/v)PEG4001reservoir
6100 mMMES1reservoirpH6.0
760 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.70090,0.97910,0.97630, 0.72130
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.70091
20.97911
30.97631
40.72131
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 39476 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.94 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.56
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 14.94 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.323

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 4025 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.206 39412 --
obs0.206 39412 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3569 814 2 306 4691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.71
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 37502 / Num. reflection Rfree: 1974 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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