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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mpb | ||||||
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タイトル | MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MALTOSE-BINDING PROTEIN) MUTANT, WITH ARGININE REPLACING TRYPTOPHAN AT POSITION 230 (TRP-230-ARG) | ||||||
要素 | MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | PERIPLASMIC BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Shilton, B.H. / Mowbray, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structures and Solution Conformations of a Dominant-Negative Mutant of Escherichia Coli Maltose-Binding Protein 著者: Shilton, B.H. / Shuman, H.A. / Mowbray, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mpb.cif.gz | 108.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mpb.ent.gz | 85.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mpb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mpb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40724.137 Da / 分子数: 1 / 変異: W230R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PLH1 / 遺伝子 (発現宿主): MALE671 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HS3309 / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.38 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年9月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 28060 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 13 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→7.5 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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