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万見
- PDB-1mo2: Thioesterase Domain from 6-Deoxyerythronolide Synthase (DEBS TE),... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mo2
タイトルThioesterase Domain from 6-Deoxyerythronolide Synthase (DEBS TE), pH 8.5
要素Erythronolide synthase, modules 5 and 6
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Thioesterase (チオエステル加水分解酵素) / Polyketide Synthase (ポリケチド合成酵素) / open substrate channel / TE / PKS / alpha beta hydrolase / 6-deoxyerythronolide / picromycin / pikromycin / erythromycin (エリスロマイシン)
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, thioesterase domain / チオエステル加水分解酵素 / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain ...Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, thioesterase domain / チオエステル加水分解酵素 / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tsai, S.-C. / Lu, H. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Insights into channel architecture and substrate specificity from crystal structures of two macrocycle-forming thioesterases of modular polyketide synthases
著者: Tsai, S.-C. / Lu, H. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M.
履歴
登録2002年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythronolide synthase, modules 5 and 6
B: Erythronolide synthase, modules 5 and 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5682
ポリマ－62,5682
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.500, 102.500, 156.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Erythronolide synthase, modules 5 and 6 / / E.C.2.3.1.94 / 6-deoxyerythronolide B synthase III / DEBS 3 / DEBS TE / erythronolide synthase III


分子量: 31283.898 Da / 分子数: 2 / 断片: Thioesterase Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: ERYA / プラスミド: pET21c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 400, bicine, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMBicine1reservoirpH8.5
22 mMdithiothreitol1reservoir
3100 mM1reservoirMgCl2
410 mg/mlprotein1drop
520 mMHEPES1droppH7.5
62 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月7日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 26440 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 350978
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KEZ

1kez


解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28663 1223 5.1 %RANDOM
Rwork0.24215 ---
all0.2595 26614 --
obs0.24447 22595 89.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3----3.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 0 56 3832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0430.0213880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.5621.9495304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.5975498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.240.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3360.22049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.7480.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.570.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3181.52494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4723984
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.18331386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9834.51320
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.393 93
Rwork0.279 1531
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97960.5264-0.31244.0227-3.7018.09570.1379-0.28480.19260.65580.00780.1722-0.7097-0.0596-0.14570.2426-0.0073-0.01760.0783-0.04910.16281.237950.743263.4611
22.9896-0.38860.14945.2681-0.83596.53890.0683-0.1288-0.42950.1066-0.0219-0.65990.90771.3865-0.04640.27920.13460.0090.38170.03120.3017.504639.522362.0341
313.4036-0.3289-2.405414.09930.773811.4652-0.8356-0.6464-2.31-1.97770.6412-1.23210.92341.69240.19440.4539-0.04860.15650.3279-0.02190.39036.524837.272846.4705
48.0159-1.6598-1.07148.9776-3.10287.25550.3739-0.38910.5271-0.7895-0.6408-0.88960.58680.98430.26680.33980.06410.0910.13330.05940.102312.767350.904643.2633
53.3949-0.13362.24412.42450.27266.1430.11710.20690.0802-0.49220.054-0.12210.17750.0338-0.17110.02670.03270.05090.16330.02690.107224.851332.308598.4186
67.72371.26523.21583.61710.29437.7213-0.1019-0.41870.3179-0.60520.21331.2628-0.41-1.9267-0.11140.29710.1382-0.0030.5326-0.05510.338512.30335.217199.5533
710.83757.4091-4.58285.07282.657413.32630.4684-0.64680.90590.3249-0.42652.6659-0.817-2.1137-0.04190.28920.0210.10690.7483-0.02280.629410.081633.7765115.0855
86.8040.02511.25897.80342.68783.084-0.1319-0.56680.9318-0.0126-0.40.0956-0.4596-0.97970.53190.04970.04560.06950.3977-0.08760.269521.368343.5914118.4553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA26 - 16026 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2AA161 - 220161 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3AA221 - 250221 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4AA251 - 280251 - 280
5X-RAY DIFFRACTION5BB26 - 16026 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6BB161 - 220161 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7BB221 - 250221 - 250
8X-RAY DIFFRACTION8BB251 - 280251 - 280
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.244
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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