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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ml6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of mGSTA2-2 in Complex with the Glutathione Conjugate of Benzo[a]pyrene-7(R),8(S)-Diol-9(S),10(R)-Epoxide | ||||||
![]() | Glutathione S-Transferase GT41A | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to stilbenoid / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gu, Y. / Xiao, B. / Wargo, H.L. / Bucher, M.H. / Singh, S.V. / Ji, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Residues 207, 216, and 221 and the catalytic activity of mGSTA1-1 and mGSTA2-2 toward benzo[a]pyrene-(7R,8S)-diol-(9S,10R)-epoxide 著者: Gu, Y. / Xiao, B. / Wargo, H.L. / Bucher, M.H. / Singh, S.V. / Ji, X. #1: ![]() タイトル: Residue R216 and Catalytic Efficiency of a Murine Class Alpha Glutathione S-Transferase toward Benzo[a]pyrene 7(R),8(S)-Diol-9(S),10(R)-Epoxide 著者: Gu, Y. / Singh, S.V. / Ji, X. #2: ![]() タイトル: Amino Acid Substitutions at Positions 207 and 221 Contribute to Catalytic Differences between Murine Glutathione S-Transferase A1-1 and A2-2 toward (+)-anti-7,8-Dihydroxy-9,10-epoxy- ...タイトル: Amino Acid Substitutions at Positions 207 and 221 Contribute to Catalytic Differences between Murine Glutathione S-Transferase A1-1 and A2-2 toward (+)-anti-7,8-Dihydroxy-9,10-epoxy-7,8,9,10-tetrahydrobenzo[a]pyrene 著者: Xia, H. / Gu, Y. / Pan, S.-S. / Ji, X. / Singh, S.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1f3aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25455.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P10648, ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, isopropanol, NaHepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 37794 / Num. obs: 37794 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 18.68 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.31 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 4.59 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1F3A 解像度: 1.9→26.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1753798.71 / Data cutoff high rms absF: 1753798.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9908 Å2 / ksol: 0.335569 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 35892 / Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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