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- PDB-1mgy: Structure of the D85S mutant of bacteriorhodopsin with bromide bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mgy
タイトルStructure of the D85S mutant of bacteriorhodopsin with bromide bound
要素Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / bacteriorhodopsin (バクテリオロドプシン) / anion (イオン) / pump (ポンプ) / bromide (臭化物) / halide (ハロゲン化物)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / : / Chem-LI1 / レチナール / バクテリオロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Facciotti, M.T. / Cheung, V.S. / Nguyen, D. / Rouhani, S. / Glaeser, R.M.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Bromide-Bound D85S Mutant of Bacteriorhodopsin: Principles of Ion Pumping
著者: Facciotti, M.T. / Cheung, V.S. / Nguyen, D. / Rouhani, S. / Glaeser, R.M.
履歴
登録2002年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,49813
ポリマ－26,9011
非ポリマー5,59612
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.498, 121.326, 73.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / バクテリオロドプシン / BR


分子量: 26901.490 Da / 分子数: 1 / 変異: D85S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945

-
非ポリマー , 5種, 59分子

#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: connected bilayer gel / pH: 4.6
詳細: Sodium Acetate, PEG 4000, potassium chloride, mono-olein, pH 4.6, connected bilayer gel, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein11
2100 mMsodium acetate12pH4.6
3200 mM12KCl
410 %PEG400012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60 Å / Num. all: 16336 / Num. obs: 16336 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 89.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 135550 / Rmerge(I) obs: 0.127
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1KGB

1kgb


解像度: 2→12 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 777 random
Rwork0.215 --
all-15316 -
obs-15316 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.799 Å20 Å20 Å2
2---1.175 Å20 Å2
3---0.375 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 81 49 1819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.953
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006859
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.023
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0182.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein.param2
X-RAY DIFFRACTION2ret.par
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4li1.par
X-RAY DIFFRACTION5ion.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2365 / Rfactor Rwork: 0.2151
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.953
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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