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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m6y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of TM0872, a Putative SAM-dependent Methyltransferase, Complexed with SAH | ||||||
要素 | S-adenosyl-methyltransferase mraW | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SAM-dependent Methyltransferase Fold / Protein-Cofactor Product Complex / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (cytosine1402-N4)-methyltransferase / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, D.J. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003 タイトル: Crystal complexes of a predicted S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase reveal a typical AdoMet binding domain and a substrate recognition domain 著者: Miller, D.J. / Ouellette, N. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT IS A TRIMER ACCORDING TO DYNAMIC LIGHT SCATTERING DATA. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m6y.cif.gz | 132.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m6y.ent.gz | 108 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/1m6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/1m6y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35384.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM0872 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZX6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Drop: 50mM Na Cacodylate pH 6.5, 5mM HEPES pH 7.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 9% PEG 8000, 0.25M NaCl, 1mM BME, 0.3mM S-adenosyl-L-homocysteine, 10mg/ml protein. Well: 0.1M Na Cacodylate pH 6.5, ...詳細: Drop: 50mM Na Cacodylate pH 6.5, 5mM HEPES pH 7.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 9% PEG 8000, 0.25M NaCl, 1mM BME, 0.3mM S-adenosyl-L-homocysteine, 10mg/ml protein. Well: 0.1M Na Cacodylate pH 6.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 18 % PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9787, 0.9785, 0.9537 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月3日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→19.89 Å / Num. all: 62224 / Num. obs: 62185 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 22 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 6105 / % possible all: 99.7 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 62341 / Num. measured all: 854224 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3472061.43 / Data cutoff high rms absF: 3472061.43 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.5995 Å2 / ksol: 0.383992 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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