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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m0k | ||||||
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タイトル | BACTERIORHODOPSIN K INTERMEDIATE AT 1.43 A RESOLUTION | ||||||
要素 | bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン | ||||||
キーワード | ION TRANSPORT / ION PUMP / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RETINAL PROTEIN (レチナール) / LIPIDS (脂質) / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA (高度好塩菌) / 7-TRANSMEMBRANE (Gタンパク質共役受容体) / SERPENTINE / MEROHEDRAL TWINNING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | Lanyi, J.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystallographic structure of the K intermediate of bacteriorhodopsin: conservation of free energy after photoisomerization of the retinal. 著者: Schobert, B. / Cupp-Vickery, J. / Hornak, V. / Smith, S. / Lanyi, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | Biomolecule 1 This entry is made up of two models which represent two conformations of the wild- ... Biomolecule 1 This entry is made up of two models which represent two conformations of the wild-type protein. Model 1 is the non-illuminated BACTERIORHODOPSIN (BR STATE) with the occupancy of 0.60 while Model 2 is the K INTERMEDIATE (K STATE) with the occupancy of 0.40. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m0k.cif.gz | 111.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m0k.ent.gz | 91.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/1m0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/1m0k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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モデル数 | 2 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28270.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE細胞膜 / プラスミド: PRN2367 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-LI1 / #4: 化合物 | ChemComp-SQU / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: cubic lipid phase / pH: 5.6 詳細: cubic lipid phase with mono-olein and potassium phosphate, pH 5.60, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.6 詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→25 Å / Num. obs: 41822 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 34.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.43 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 608447 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.4 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1C3W 解像度: 1.43→25 Å / Num. parameters: 8359 / Num. restraintsaints: 8618 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: MEROHEDRAL TWINNING RATIO OF 51:49
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Refine analyze | Num. disordered residues: 13 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2073 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.134 / Rfactor Rfree: 0.176 / Rfactor Rwork: 0.134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.43 Å / 最低解像度: 1.48 Å / Rfactor Rfree: 0.166 / Rfactor Rwork: 0.127 |