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- PDB-1lzx: Rat neuronal NOS heme domain with NG-hydroxy-L-arginine bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lzx
タイトルRat neuronal NOS heme domain with NG-hydroxy-L-arginine bound
要素Nitric-oxide synthase一酸化窒素合成酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitric oxide synthase (一酸化窒素合成酵素) / oxydoreductase / heme-enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide / Ion homeostasis / nitric oxide metabolic process / postsynaptic specialization, intracellular component / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / behavioral response to cocaine / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / ヘルト萼状シナプス / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / regulation of neurogenesis / sodium channel regulator activity / negative regulation of insulin secretion / response to vitamin E / nitric-oxide synthase (NADPH) / regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density, intracellular component / multicellular organismal response to stress / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADPH binding / striated muscle contraction / arginine catabolic process / regulation of sodium ion transport / nitric oxide mediated signal transduction / 横行小管 / sarcoplasmic reticulum membrane / response to organonitrogen compound / cellular response to epinephrine stimulus / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / response to nutrient levels / response to activity / 筋小胞体 / 分泌 / response to hormone / positive regulation of long-term synaptic potentiation / female pregnancy / muscle contraction / establishment of localization in cell / cell periphery / phosphoprotein binding / response to lead ion / response to nicotine / establishment of protein localization / potassium ion transport / response to organic cyclic compound / 筋鞘 / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / Z disc / cellular response to mechanical stimulus / response to estrogen / vasodilation / calcium ion transport / calcium-dependent protein binding / FMN binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / 核膜 / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / 細胞骨格 / calmodulin binding / response to hypoxia / 脂質ラフト / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / heme binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / PDZドメイン / Flavoprotein-like superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / テトラヒドロビオプテリン / N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, H. / Shimizu, H. / Flinspach, M. / Jamal, J. / Yang, W. / Xian, M. / Cai, T. / Wen, E.Z. / Jia, Q. / Wang, P.G. / Poulos, T.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The Novel Binding Mode of N-Alkyl-N'-Hydroxyguanidine to Neuronal Nitric Oxide Synthase Provides Mechanistic Insights into NO Biosynthesis
著者: Li, H. / Shimizu, H. / Flinspach, M. / Jamal, J. / Yang, W. / Xian, M. / Cai, T. / Wen, E.Z. / Jia, Q. / Wang, P.G. / Poulos, T.L.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide Synthase: a Paradigm for Pterin Function Involving a Novel Metal Center
著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S. / Poulos, T.L.
履歴
登録2002年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric-oxide synthase
B: Nitric-oxide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,39011
ポリマ－97,1102
非ポリマー2,2799
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area33590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.930, 110.740, 164.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitric-oxide synthase / 一酸化窒素合成酵素 / NOS / type I / Neuronal NOS / N-NOS / NNOS / Constitutive NOS / NC-NOS / BNOS


分子量: 48555.215 Da / 分子数: 2 / 断片: heme domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: brain脳 / プラスミド: pCWori / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 478分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#6: 化合物 ChemComp-HAR / N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / NG-ヒドロキシ-L-アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N4O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG4000, MES, ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / PH range low: 6 / PH range high: 5.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17-9 mg/mlprotein1drop
25 mMimidazole1drop
318-22 %(w/v)PEG33501reservoir
40.1 MMES1reservoirpH5.6-6.0
5100-200 mMammonium acetate1reservoir
62.0 mMGSH1reservoir
735000 mMSDS1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月8日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 62410 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2942 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 92.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 208445
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→31.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 339-349 in subunit A and 339-347 in subunit B are disordered and therefore are not included in the model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3105 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs-62363 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.7678 Å2 / ksol: 0.390473 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.14 Å20 Å20 Å2
2--6.43 Å20 Å2
3----15.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6653 0 155 469 7277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 288 5 %
Rwork0.34 5443 -
obs-5731 89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HETERO.PARHETERO.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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