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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lve | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE VARIABLE DOMAIN OF HUMAN IMMUNOGLOBULIN K-4 LIGHT CHAIN LEN | |||||||||
要素 | LEN, A VARIABLE DOMAIN FROM KAPPA-4 TYPE | |||||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN (抗体) / BENCE-JONES PROTEIN (ベンス・ジョーンズ蛋白) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Schiffer, M. / Huang, D.-B. / Chang, C.-H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1997 タイトル: Variable domain structure of kappaIV human light chain Len: high homology to the murine light chain McPC603. 著者: Huang, D.B. / Chang, C.H. / Ainsworth, C. / Johnson, G. / Solomon, A. / Stevens, F.J. / Schiffer, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1996 タイトル: Structure of the Variable Domain of Human Immunoglobulin Kappa-Iv Light Chain Len 著者: Huang, D.-B. / Ainsworth, C. / Chang, C.-H. / Stevens, F.J. / Schiffer, M. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: Recombinant Immunoglobulin Variable Domains Generated from Synthetic Genes Provide a System for in Vitro Characterization of Light-Chain Amyloid Proteins 著者: Stevens, P.W. / Raffen, R. / Hanson, D.K. / Deng, Y.L. / Berrios-Hammond, M. / Westholm, F.A. / Murphy, C. / Eulitz, M. / Wetzel, R. / Solomon, A. / Schiffer, M. / Stevens, F.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lve.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lve.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/1lve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/1lve | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13422.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01625, UniProt: P06312*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE, PH 7.0 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: バッチ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: PICKER / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→23.4 Å / Num. obs: 7471 / % possible obs: 99 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WAT (MONOMER 2) 解像度: 1.95→10 Å / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.222 / Num. reflection obs: 793 |