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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lur | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the GalM/aldose Epimerase Homologue from C. elegans, Northeast Structural Genomics Target WR66 | ||||||
要素 | aldose 1-epimeraseアルドース-1-エピメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / vitamin B12 (コバラミン) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / structural genomics (構造ゲノミクス) / structure-based function assignment / decarboxylase (脱炭酸酵素) / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Keller, J.P. / Xiao, R. / MacDonald, L. / Shen, J. / Acton, T. / Montelione, G. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal Structure of the GalM/aldose Epimerase Homologue from C. elegans, Northeast Structural Genomics Target WR66 著者: Keller, J.P. / Xiao, R. / MacDonald, L. / Shen, J. / Acton, T. / Montelione, G. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lur.cif.gz | 143.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lur.ent.gz | 116.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/1lur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/1lur | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37954.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NESG WR66 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) プラスミド: pET14c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q966D4, アルドース-1-エピメラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG 600, Lithium Sulfate, TrisCl, PEG 4000, Glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月15日 / 詳細: Yale Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 141930 / Num. obs: 131853 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): -5 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.36 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
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拘束条件 |
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