[日本語] English
万見
- PDB-1lrz: x-ray crystal structure of staphylococcus aureus femA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lrz
タイトルx-ray crystal structure of staphylococcus aureus femA
要素factor essential for expression of methicillin resistance
キーワードANTIBIOTIC INHIBITOR / Peptidoglycan (ペプチドグリカン) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / multiple anomalous dispersion
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysyl-(N6-glycyl)-D-alanyl-D-alanine-diphosphoundecaprenyl-N-acetylglucosamine:glycine glycyltransferase / aminoacyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / nucleotide binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FemABX peptidyl transferase / FemAB family / FemABX peptidyl transferase family profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...FemABX peptidyl transferase / FemAB family / FemABX peptidyl transferase family profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminoacyltransferase FemA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Benson, T. / Prince, D. / Mutchler, V. / Curry, K. / Ho, A. / Sarver, R. / Hagadorn, J. / Choi, G. / Garlick, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: X-ray crystal structure of Staphylococcus aureus FemA.
著者: Benson, T.E. / Prince, D.B. / Mutchler, V.T. / Curry, K.A. / Ho, A.M. / Sarver, R.W. / Hagadorn, J.C. / Choi, G.H. / Garlick, R.L.
履歴
登録2002年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: factor essential for expression of methicillin resistance


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0261
ポリマ－50,0261
非ポリマー00
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.930, 90.360, 109.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 factor essential for expression of methicillin resistance / fema


分子量: 50026.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: FemA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0A5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, calcium acetate, imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 10 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMethanolamine12
21 mMdithiothreitol12pH10.0
312 mg/mlprotein11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.96863, 0.97949, 0.97923
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal system / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.968631
20.979491
30.979231
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 31869 / Num. obs: 31500 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 32411 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 236796 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.246

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNX2000.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 3160 10 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.183 31869 --
obs0.183 31500 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.944 Å20 Å20 Å2
2--2.938 Å20 Å2
3----0.994 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3313 0 0 318 3631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 523 10.4 %
Rwork0.216 4519 -
obs--96.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.212 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る