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万見
- PDB-1lm1: Structural studies on the synchronization of catalytic centers in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lm1
タイトルStructural studies on the synchronization of catalytic centers in glutamate synthase: native enzyme
要素Ferredoxin-dependent glutamate synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / glutamate synthase / channeling / amidotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタミン酸シンターゼ (フェレドキシン) / glutamate synthase (NADH) activity / glutamate synthase (ferredoxin) activity / ammonia assimilation cycle / L-glutamate biosynthetic process / glutamate biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain / Glutamate synthase domain / Glutamate synthase, central-N / Glutamine amidotransferases class-II / Conserved region in glutamate synthase / Glutamate synthase central domain / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal / GXGXG motif / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. ...Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain / Glutamate synthase domain / Glutamate synthase, central-N / Glutamine amidotransferases class-II / Conserved region in glutamate synthase / Glutamate synthase central domain / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal / GXGXG motif / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Pectate Lyase C-like / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / 3 Solenoid / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / FE3-S4 CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / Ferredoxin-dependent glutamate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者van Den Heuvel, R.H. / Ferrari, D. / Bossi, R.T. / Ravasio, S. / Curti, B. / Vanoni, M.A. / Florencio, F.J. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2002
タイトル: Structural studies on the synchronization of catalytic centers in glutamate synthase
著者: van Den Heuvel, R.H. / Ferrari, D. / Bossi, R.T. / Ravasio, S. / Curti, B. / Vanoni, M.A. / Florencio, F.J. / Mattevi, A.
履歴
登録2002年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-dependent glutamate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,5825
ポリマ－165,7121
非ポリマー8704
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.083, 166.083, 219.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin-dependent glutamate synthase


分子量: 165711.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: pcc6803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P55038, グルタミン酸シンターゼ (フェレドキシン)
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116 mg/mlenzyme1drop
225 mMPIPES-KOH1droppH7.0
31 mMEDTA1drop
410 %glycerol1drop
524-30 %(w/v)PEG40001reservoir
6100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
7200 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月3日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→62 Å / Num. all: 76995 / Num. obs: 76995 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 10697 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
最低解像度: 62 Å / Num. measured all: 1595358 / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.455

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.06精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EA0

1ea0


解像度: 2.8→129.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 15.102 / SU ML: 0.285 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28677 1869 2.5 %RANDOM
Rwork0.23638 ---
all0.2376 73899 --
obs0.23764 73899 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.074 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2 Å20 Å20 Å2
2--4.2 Å20 Å2
3----8.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→129.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11311 0 46 38 11395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.02111581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2281.96615704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.27851471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.26517.0933344
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.21751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3280.26809
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3510.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7451.57308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.341211707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29634273
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.614.53994
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.382 123
Rwork0.349 5305
obs-5305
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.821-1.1164-1.76661.4630.84493.07480.13470.6004-0.2034-0.2167-0.50590.21660.133-0.73940.37110.12570.085-0.04790.5918-0.12210.3384178.7002208.6651-9.1326
22.2413-0.1829-0.53551.49570.23722.3963-0.2557-0.011-0.43990.5855-0.2160.48570.9981-0.47570.47170.4183-0.31790.36170.2715-0.18360.5907164.4424199.701928.9391
31.6991-0.9061-0.90381.8811.0372.7867-0.1126-0.4170.18030.56810.2095-0.19580.11530.5644-0.09690.0969-0.0699-0.00120.3147-0.0330.244188.9654223.19434.4415
42.0422-0.8981-0.42541.8930.47063.13190.50350.41440.4278-0.5327-0.36220.0616-1.2029-0.609-0.14130.49950.24310.15020.32760.05150.3887174.0339240.29367.7455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 4221 - 422
2X-RAY DIFFRACTION2AA439 - 779439 - 779
3X-RAY DIFFRACTION3AA780 - 1223780 - 1223
4X-RAY DIFFRACTION4AA1224 - 15031224 - 1503
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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