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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lia | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF R-PHYCOERYTHRIN FROM POLYSIPHONIA AT 2.8 A RESOLUTION | ||||||
要素 | (R-PHYCOERYTHRIN) x 2 | ||||||
キーワード | LIGHT HARVESTING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Polysiphonia urceolata (アカゲグサ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, D.C. / Jiang, T. / Chang, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of R-phycoerythrin from Polysiphonia urceolata at 2.8 A resolution. 著者: Chang, W.R. / Jiang, T. / Wan, Z.L. / Zhang, J.P. / Yang, Z.X. / Liang, D.C. #1: ジャーナル: Prog.Nat.Sci. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of R-Phycoerythrin from Polysiphonia Urceolata at 0.5Nm Resolution 著者: Chang, W.R. / Wan, Z.L. / Jiang, T. / Zhang, J.P. / Song, H.W. / Wang, S.G. / Gui, L.L. / Liang, D.C. / Zhu, J.C. / Yang, Z.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lia.cif.gz | 147.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lia.ent.gz | 118 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/1lia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/1lia | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17855.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polysiphonia urceolata (アカゲグサ) / 参照: UniProt: Q01921, UniProt: P84861*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 18737.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polysiphonia urceolata (アカゲグサ) / 参照: UniProt: Q01922, UniProt: P84862*PLUS #3: 化合物 | ChemComp-CYC / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE DIHEDRAL ANGLE OF B 77 AND L 77 IS UNUSUAL BUT THE SAME AS OTHER PHYCOBILIP | 配列の詳細 | BECAUSE THE SEQUENCE OF R-PHYCOERYTHRIN FROM POLYSIPHONIA URCEOLATA IS UNKNOWN, THE AUTHORS USED ...BECAUSE THE SEQUENCE OF R-PHYCOERYTH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X200B / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年3月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.73→25 Å / Num. obs: 21280 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 4
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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