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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l7a | ||||||
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タイトル | structural Genomics, crystal structure of Cephalosporin C deacetylase | ||||||
要素 | Cephalosporin C deacetylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / alpha-beta-alpha sandwich / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 セファロスポリンCデアセチラーゼ / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / アセチルキシランエステラーゼ / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Koroleva, O. / Collert, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 1.5A crystal structure of the Cephalosporin C deacetylase 著者: Zhang, R. / Koroleva, O. / Collert, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l7a.cif.gz | 143.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l7a.ent.gz | 115 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l7a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35892.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: CAH / プラスミド: pmcsg7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P94388, セファロスポリンCデアセチラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793, 0.9791, 0.9520 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月6日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 96880 / Num. obs: 96738 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.92 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 27.78 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.54 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.955 / Num. unique all: 12039 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→47.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 276511.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The number of reflections used in refinement include Friedel pairs. Therefore, the number of reflections for refinement is larger than the number collected.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5819 Å2 / ksol: 0.38572 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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