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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l5w | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Maltodextrin Phosphorylase Complexed with the Products of the Enzymatic Reaction between Glucose-1-phosphate and Maltotetraose | |||||||||
要素 | MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / phosphorylase (ホスホリラーゼ) / enzymatic catalysis / substrate complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maltodextrin phosphorylase activity / alpha-glucan catabolic process / グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Geremia, S. / Campagnolo, M. / Schinzel, R. / Johnson, L.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Enzymatic catalysis in crystals of Escherichia coli maltodextrin phosphorylase 著者: Geremia, S. / Campagnolo, M. / Schinzel, R. / Johnson, L.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l5w.cif.gz | 348.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l5w.ent.gz | 280.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l5w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/1l5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/1l5w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90547.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PMAP101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DELTA MALA518 参照: GenBank: 606352, UniProt: P00490*PLUS, グリコーゲンホスホリラーゼ #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, TRIS, Lithium Chloride, Glucose-1-phosphate., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→17 Å / Num. all: 134845 / Num. obs: 134845 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 21.633 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 16882 / % possible all: 73.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 17 Å / Num. measured all: 1056617 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1L5V 解像度: 1.8→20 Å / SU B: 5.6336 / SU ML: 0.16158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15815 / ESU R Free: 0.13805 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.262 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_deg / Dev ideal: 1.7 |