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- PDB-1kxu: CYCLIN H, A POSITIVE REGULATORY SUBUNIT OF CDK ACTIVATING KINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kxu
タイトルCYCLIN H, A POSITIVE REGULATORY SUBUNIT OF CDK ACTIVATING KINASE
要素CYCLIN H
キーワードREGULATORY PROTEIN (遺伝子発現の調節) / CYCLIN (サイクリン) / CELL CYCLE (細胞周期) / CELL DIVISION (細胞分裂) / NUCLEAR PROTEIN / ALPHA-HELICAL STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Formation of RNA Pol II elongation complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Cyclin D associated events in G1 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / transcription by RNA polymerase II / protein stabilization / 細胞周期 / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
CyclinH/Ccl1 / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...CyclinH/Ccl1 / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kim, K.K. / Chamberin, H.M. / Morgan, D.O. / Kim, S.-H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional structure of human cyclin H, a positive regulator of the CDK-activating kinase.
著者: Kim, K.K. / Chamberlin, H.M. / Morgan, D.O. / Kim, S.H.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: A Novel Cyclin Associates with Mo15/Cdk7 to Form the Cdk-Activating Kinase
著者: Fisher, R.P. / Morgan, D.O.
履歴
登録1996年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8871
ポリマ－38,8871
非ポリマー00
水2,486138
1
A: CYCLIN H

A: CYCLIN H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7742
ポリマ－77,7742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)84.080, 84.080, 374.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-344-

HOH

21A-382-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CYCLIN H


分子量: 38886.754 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(MSHHHHHHGS-M1) (HISTIDINE TAG) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A POSITIVE REGULATORY SUBUNIT OF CDK-ACTIVATING KINASE
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA CELL / プラスミド: BACULOVIRUS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51946
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlcyclin H1drop
2200 mMsodium chloride1drop
310 %(v/v)glycerol1drop
41 mMEDTA1drop
51 mMDTT1drop
610 mMHEPES1drop
7800 mMlithium sulohate1drop
8400 mMammonium sulphate1drop
9100 mMcitrate1drop
10800 mMlithium sulohate1reservoir
11400 mMammonium sulphate1reservoir
12100 mMcitrate1reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.1
検出器タイプ: FUJI FILM / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1996年3月21日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 18913 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.042
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. measured all: 71856 / Rmerge(I) obs: 0.048

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 -
Rwork0.214 -
obs0.214 17904
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2211 0 0 138 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.78
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 16141 / Num. reflection Rfree: 1763
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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