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万見
- PDB-1ksd: The structure of Endoglucanase from termite, Nasutitermes takasag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksd
タイトルThe structure of Endoglucanase from termite, Nasutitermes takasagoensis, at pH 6.5.
要素Endo-b-1,4-glucanase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Cellulase (セルラーゼ) / Endoglucanase (セルラーゼ) / Termite (シロアリ) / Nasutitermes takasagoensis / Glycosyl Hydrolase (グリコシダーゼ) / Family 9 / (Alpha/Alpha)6
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nasutitermes takasagoensis (タカサゴシロアリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Khademi, S. / Guarino, L.A. / Watanabe, H. / Tokuda, G. / Meyer, E.F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of an endoglucanase from termite, Nasutitermes takasagoensis.
著者: Khademi, S. / Guarino, L.A. / Watanabe, H. / Tokuda, G. / Meyer, E.F.
履歴
登録2002年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-b-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8842
ポリマ－47,8441
非ポリマー401
水12,701705
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.251, 83.924, 60.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endo-b-1,4-glucanase


分子量: 47844.309 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nasutitermes takasagoensis (タカサゴシロアリ)
プラスミド: pET3a-Nts / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O77044, セルラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 4.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
20.1 Mprotein1droppH4.5
30.8 Mammonium sulfate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030K / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC, Model 140-000023 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 58967 / Num. obs: 57195 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 92.4
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 654717
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TF4

3tf4


解像度: 1.6→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 5717 9.7 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all-58848 --
obs-57085 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.2325 Å2 / ksol: 0.378856 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.23 Å20 Å21.64 Å2
2---2.34 Å20 Å2
3----2.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3383 0 1 705 4089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.592.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 553 10.2 %
Rwork0.241 4864 -
obs-5417 92.4 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein-rep.param / Topol file: protein.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.201 / Rfactor Rwork: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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