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万見
- PDB-1ksb: Relationship of Solution and Protein-Bound Structures of DNA Dupl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksb
タイトルRelationship of Solution and Protein-Bound Structures of DNA Duplexes with the Major Intrastrand Cross-Link Lesions Formed on Cisplatin Binding to DNA
要素
  • 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*T)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / Deoxyribonucleic acid (デオキシリボ核酸) / Cisplatin (シスプラチン) / Duplex / 9-mer / Intrastrand cross-link / model J
機能・相同性シスプラチン / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法溶液NMR / AMBER
データ登録者Marzilli, L.G. / Saad, J.S. / Kuklenyik, Z. / Keating, K.A. / Xu, Y.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Relationship of solution and protein-bound structures of DNA duplexes with the major intrastrand cross-link lesions formed on cisplatin binding to DNA.
著者: Marzilli, L.G. / Saad, J.S. / Kuklenyik, Z. / Keating, K.A. / Xu, Y.
履歴
登録2002年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7743
ポリマ－5,4742
非ポリマー3001
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*T)-3'


分子量: 2667.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Cisplatin intrastrand cross-link DNA
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3'


分子量: 2805.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum / シスプラチン


分子量: 300.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: 2D 1H-31P phase-sensitive Reverse Chemical Shift Correlation (RCSC) and 1H-13C magnitude mode HMQC experiments were performed.

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試料調製

詳細内容: Platinated 9-mer duplex dissolved in D2O/H2O / 溶媒系: D2O or (90% H2O, 10% D2O)
試料状態pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE OMEGAGEOMEGA6001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97解析
DiscoverBiosym/MSI精密化
Insight II構造決定
Curvesデータ解析
IRMABiosym/MSI精密化
精密化手法: AMBER / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE-Restrained refinement (details can be found in the paper)
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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