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万見
- PDB-1kp5: Cyclic Green Fluorescent Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kp5
タイトルCyclic Green Fluorescent Protein
要素Green Fluorescent Protein緑色蛍光タンパク質
キーワードLUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / cyclised termini / cyclic protein / green fluorescent protein (緑色蛍光タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
緑色蛍光タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hofmann, A. / Iwai, H. / Plueckthun, A. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of cyclized green fluorescent protein.
著者: Hofmann, A. / Iwai, H. / Hess, S. / Pluckthun, A. / Wlodawer, A.
履歴
登録2001年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年1月21日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
Remark 999sequence the difference between the sequence database and the coordinates is that GYS 76 represents ...sequence the difference between the sequence database and the coordinates is that GYS 76 represents the chromophore (ser-tyr-gly). also, the residue numbering is not sequential - numbers 75 and 77 are skipped in the coordinates.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green Fluorescent Protein
B: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,70310
ポリマ－55,9352
非ポリマー7698
水1,69394
1
A: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3525
ポリマ－27,9671
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3525
ポリマ－27,9671
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子

A: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子

B: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子

B: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,40620
ポリマ－111,8694
非ポリマー1,53716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation8_665x-y+1,-y+1,-z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area35980 Å2
手法PISA
4
A: Green Fluorescent Protein
B: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子

A: Green Fluorescent Protein
B: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,40620
ポリマ－111,8694
非ポリマー1,53716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area6930 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area39580 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
6
B: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子

A: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,70310
ポリマ－55,9352
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_565x-y,-y+1,-z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
7
A: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子

A: Green Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,70310
ポリマ－55,9352
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area2420 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.447, 142.447, 183.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 Green Fluorescent Protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 27967.369 Da / 分子数: 2
変異: M1S,S2R,Q25H,Q80R,F99S,Y100F,M141L,M153T,P157Q,V163A,K172E,I219V,I229L,T230V,H231P,G232R,M233G,D234T,E235G
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.43 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: ammonium sulfate, glycine, pH 10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
結晶化
*PLUS
pH: 10
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.1 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Mglycine1reservoirpH10.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 31910 / Num. obs: 31910 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 3340 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 34481 / Num. measured all: 917968 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.503

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1emm

1emm


解像度: 2.6→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 187412.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3193 10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all-31869 --
obs-31869 92.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.7304 Å2 / ksol: 0.356122 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.73 Å23.6 Å20 Å2
2---7.73 Å20 Å2
3---15.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3802 0 40 94 3936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.823
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.223.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.323.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.864
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 499 10.1 %
Rwork0.258 4465 -
obs-4964 88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CRO.PARCRO.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CYCL.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.319 / Rfactor Rwork: 0.258

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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