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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kkp
タイトルCrystal Structure of Serine Hydroxymethyltransferase complexed with Serine
要素Serine Hydroxymethyltransferaseセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SHMT PLP tetrahydrofolate
機能・相同性
機能・相同性情報


セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ピリドキサールリン酸 / セリン / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Trivedi, V. / Gupta, A. / Jala, V.R. / Saravanan, P. / Rao, G.S.J. / Rao, N.A. / Savithri, H.S. / Subramanya, H.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of binary and ternary complexes of serine hydroxymethyltransferase from Bacillus stearothermophilus: insights into the catalytic mechanism.
著者: Trivedi, V. / Gupta, A. / Jala, V.R. / Saravanan, P. / Rao, G.S. / Rao, N.A. / Savithri, H.S. / Subramanya, H.S.
履歴
登録2001年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AN APPROPRIATE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING. ...SEQUENCE AN APPROPRIATE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING. ALSO, RESIDUES 403-419 ARE CLONING ARTIFACTS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine Hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0643
ポリマ－45,7121
非ポリマー3522
水4,288238
1
A: Serine Hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

A: Serine Hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1286
ポリマ－91,4232
非ポリマー7044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.981, 106.276, 56.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Serine Hydroxymethyltransferase / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / SERINE METHYLASE / SHMT


分子量: 45711.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
プラスミド: pRSETC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7SIB6, セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMHEPES1droppH7.5
20.2 mMEDTA1drop
35 mM2-mercaptoethanol1drop
4100 mM1dropNaCl
515 mg/mlprotein1drop
6100 mMHEPES1reservoirpH7.5
70.2 mMEDTA1reservoir
85 mM2-mercaptoethanol1reservoir
950 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mar mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→15 Å / Num. all: 27597 / Num. obs: 27573 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.52 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 2.31 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Num. unique all: 2565 / % possible all: 91.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 69596 / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB Entry 1KKJ

1kkj


解像度: 1.93→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.206 1378 Random
Rwork0.179 --
all-27463 -
obs-27463 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3116 0 22 238 3376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.057
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.2059 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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