PDB-1kkh: Crystal Structure of the Methanococcus jannaschii Mevalonate Kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kkh

タイトル

Crystal Structure of the Methanococcus jannaschii Mevalonate Kinase

要素

Mevalonate Kinase

メバロン酸キナーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / mixed beta sheet / phosphate-binding loop / beta-alpha-beta

機能・相同性

機能・相同性情報

メバロン酸キナーゼ /

mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway /

リン酸化 / magnesium ion binding /

ATP binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yang, D. / Shipman, L.W. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of the Methanococcus jannaschii mevalonate kinase, a member of the GHMP kinase superfamily.
著者: Yang, D. / Shipman, L.W. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2001年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kkh.cif.gz	71.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kkh.ent.gz	57.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6cx3-d 5gxj-d 6vvd-1 4hia-d 5j3u-d 4j31-2 3cr3-2 3r5z-d 1dml-4 3v5c-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mevalonate Kinase

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.138, 44.028, 64.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Mevalonate Kinase / メバロン酸キナーゼ分子量: 35765.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q58487, メバロン酸キナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Dioxane, Tris, DTT, magnesium, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

結晶化

*PLUS

温度: 16 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10-15 mg/ml	protein	1	drop
2	5 mM	Tris	1	drop
3	10 mM	dithiothreitol	1	drop	pH8.0
4	28 %	dioxane	1	reservoir
5	10 mM	dithiothreitol	1	reservoir

-
データ収集

回折

平均測定温度: 121 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9611, 0.9792, 0.9794, 0.9919

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月7日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9611	1
2	0.9792	1
3	0.9794	1
4	0.9919	1

反射

解像度: 2.4→19.92 Å / Num. obs: 11633 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 17.1 Å²

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 79.4

反射

*PLUS

最低解像度: 99 Å / R_merge(I) obs: 0.061

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 79.4 % / R_merge(I) obs: 0.126

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.92 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1063634.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	1173	10.3 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
all	0.228	11399	-	-
obs	-	11399	92.5 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 34.5131 Å² / k_sol: 0.314649 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.94 Å²	0 Å²	6.27 Å²
2-	-	-7.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.53 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.42 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.4 Å	0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2506	0	12	92	2610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.7
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.93
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.13	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.3	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.64	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.91	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.55 Å / R_factor R_free error: 0.027 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	155	10.1 %
R_work	0.221	1386	-
obs	-	-	75.2 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	DIO.PAR	DIO.TOP

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 19.9 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.2 / R_factor R_free: 0.28 / R_factor R_work: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.622
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.93
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.13	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.64	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.3	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.91	2.5

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関連情報:EMDBヘッダ

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