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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k88 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of procaspase-7 | ||||||
要素 | procaspase-7 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / procaspase activation / protease (プロテアーゼ) / substrate binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / protein maturation / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to UV / cysteine-type peptidase activity / striated muscle cell differentiation / protein catabolic process / protein processing / positive regulation of neuron apoptotic process / heart development / peptidase activity / neuron apoptotic process / cellular response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / タンパク質分解 / extracellular space / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chai, J. / Wu, Q. / Shiozaki, E. / Srinivasa, S.M. / Alnemri, E.S. / Shi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of a procaspase-7 zymogen: mechanisms of activation and substrate binding 著者: Chai, J. / Wu, Q. / Shiozaki, E. / Srinivasula, S.M. / Alnemri, E.S. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k88.cif.gz | 103.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k88.ent.gz | 80.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k88.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/1k88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/1k88 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28737.670 Da / 分子数: 2 / 断片: procaspase-7 / 変異: C186A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P55210, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.19 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: lithium sulfate, sodium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月26日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→99 Å / Num. all: 23464 / Num. obs: 21329 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 47 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Num. measured all: 97318 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.27 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0.5 / Rfactor obs: 0.227 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Rfactor Rfree: 0.48 / Rfactor Rwork: 0.35 |