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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k81 | ||||||
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タイトル | NMR Structure of the Zinc-Ribbon Domain within Translation Initiation Factor 2 Subunit beta | ||||||
要素 | PROBABLE TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT | ||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / translation initiation factor / zinc ribbon | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / translation initiation factor activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Cho, S. / Hoffman, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Structure of the beta Subunit of Translation Initiation Factor 2 from the Archaeon Methanococcus jannaschii: A Representative of the eIF2beta/eIF5 Family of Proteins 著者: Cho, S. / Hoffman, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k81.cif.gz | 122.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k81.ent.gz | 98.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k81.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/1k81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/1k81 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4062.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57562 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D and 3D heteronuclear NMR techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM aIF2 beta U-15N,13C; 10 mM phosphate buffer / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
-解析
NMR software | 名称: CNS / バージョン: 1 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 170 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |