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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k5u | ||||||
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タイトル | Human acidic fibroblast growth factor. 141 amino acid form with amino terminal His tag with His93 replaced by Gly (H93G). | ||||||
![]() | Acidic fibroblast growth factor![]() | ||||||
![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR / beta-trefoil / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, J. / Blaber, S.I. / Blaber, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Alternative type I and I' turn conformations in the beta8/beta9 beta-hairpin of human acidic fibroblast growth factor. 著者: Kim, J. / Blaber, S.I. / Blaber, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 16605.654 Da / 分子数: 3 / 変異: H93G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Amino Terminal HIS TAG / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4,000, 2-propanol, magnesium chloride, hepes., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月20日 / 詳細: Osmic blue confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→32.6 Å / Num. all: 25389 / Num. obs: 22019 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 29.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 77.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 21128 / % possible obs: 90.6 % / Num. measured all: 102705 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1JQZ 解像度: 2→32.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: TRONRUD
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree![]() | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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