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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k5i | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Structure of a Ribosomal RNA Hairpin Containing a Conserved CUCAA Pentaloop | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(P*キーワード | RNA (リボ核酸) / CUCAA pentaloop / RNA hairpin / non standard base-base interaction | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / Distance Geometry, Simulated Annealing, Restrained Molecular Dynamics | データ登録者 | Nagaswamy, U. / Gao, X. / Martinis, S.A. / Fox, G.E. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001 | タイトル: NMR structure of a ribosomal RNA hairpin containing a conserved CUCAA pentaloop. 著者: Nagaswamy, U. / Gao, X. / Martinis, S.A. / Fox, G.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k5i.cif.gz | 145.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k5i.ent.gz | 121.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/1k5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/1k5i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7369.440 Da / 分子数: 1 / 断片: 16S ribosomal RNA fragment (612-628) / 由来タイプ: 合成 詳細: The oligonucleotide was synthesized by T7 run-off transcription. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 10 mM Sodium Phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: Distance Geometry, Simulated Annealing, Restrained Molecular Dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: A total of 300 structures were calculated using distance geometry utilizing 123 experimentally derived distance restraints for the loop and 918 (258-experimental distances, 660-A form ...詳細: A total of 300 structures were calculated using distance geometry utilizing 123 experimentally derived distance restraints for the loop and 918 (258-experimental distances, 660-A form distances) distance restraints for the stem region and 143 dihedral angle restraints. Additionally, 50 distance restraints were used to maintain the Watson-Crick geometry of the base pairs in the stem region. Final refinement resulted in 10 lowest energy structures. |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 33 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |