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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jy7 | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF HUMAN METHEMOGLOBIN. THE VARIATION OF A THEME | ||||||
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![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Biswal, B.K. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of human oxy- and deoxyhaemoglobin at different levels of humidity: variability in the T state. 著者: Biswal, B.K. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Structure of human methaemoglobin: The variation of a theme 著者: Biswal, B.K. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Structure of human oxyhaemoglobin at 2.1 A resolution 著者: Shaanan, B. #3: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Human Deoxyhemoglobin at 1.74 Angstroms Resolution 著者: Fermi, G. / Perutz, M.F. / Shaanan, B. / Fourme, R. #4: ![]() タイトル: A third quaternary structure of human hemoglobin A at 1.7-A resolution 著者: Silva, M.M. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 307.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 260.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.7 詳細: PEG 4000, Sodium potassium phosphate, pH 6.7, LIQUID DIFFUSION at 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.2→10 Å / Num. obs: 84268 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.379 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: HUMAN OXYHEMOGLOBIN 解像度: 3.2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 158735.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9737 Å2 / ksol: 0.20873 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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