ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | | 精密化 | CNX | 2000.1 | 精密化 | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MDQ 解像度: 1.9→23.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1416969.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.273 | 2827 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.207 | - | - | - |
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all | 0.25 | 28657 | - | - |
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obs | 0.25 | 28520 | 100 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET / Bsol: 280 Å2 / ksol: 0.9 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.74 Å2 | 0 Å2 | -4.11 Å2 |
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2- | - | 1.18 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.93 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.29 Å | 0.21 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.22 Å | 0.15 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.86 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2912 | 0 | 23 | 371 | 3306 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.014 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.07 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it3.03 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it3.81 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it4.43 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it5.52 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.303 | 488 | 10.3 % |
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Rwork | 0.231 | 4257 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | CME.PARAMCME.TOP | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNX / バージョン: 2000.1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.207 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.8 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.07 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it3.03 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it4.43 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it3.81 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it5.52 | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.303 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.231 |
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